Ich würde mal im Netz nach einem "wav2ogg" Tool suchen, dass per Kommandozeile startbar ist. Das kannst du dann in Perl mit
system() aufrufen. Das dürfte die einfachste Variante sein.
Oder du schreibst ein "richtiges" Script, dabei könnte das Modul
Audio::ConvTools helfen. Hab ich aber noch nie selbst benutzt.
10 print "Hallo"
20 goto 10