Ich würde mal im Netz nach einem "wav2ogg" Tool suchen, dass per Kommandozeile startbar ist. Das kannst du dann in Perl mit system() aufrufen. Das dürfte die einfachste Variante sein.
Oder du schreibst ein "richtiges" Script, dabei könnte das Modul Audio::ConvTools helfen. Hab ich aber noch nie selbst benutzt.