Problem mit erstellten Dateien (gelöst) (Allgemeines zu Perl)

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Problem mit erstellten Dateien [gelöst]

Tags: perl5 Ähnliche Threads

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+8 replies
Riboflavin

2012-05-10 22:20
User since
2012-04-21
11 Artikel
BenutzerIn
Hallo liebe Perl-Community!

Versuche mal mein Problem zu beschreiben. Auf einer Web-Seite soll in einem Fenster eine Abfolge von atcg's (DNA) eingegeben werden. Diese wird an ein Perl-Script geschickt, welches dann verschiedene Sachen damit macht.
Als erstes wird die Sequenz in einer Datei abgelegt. Dann wird diese Datei geöffnet und die Sequenz ausgelesen und in 1000 Buchstaben grosse Fragmente zerlegt. Diese Fragmente werden in einer zweiten Datei abgespeichert.
Als nächstes folgt ein system () Befehl
Code: (dl )

system (" /usr/local/ncbi/blast/bin/makeblastdb -in '$upload_directory/$filename_db' -out '$upload_directory/$filename_db' -dbtype nucl ");
Die erste Datei wird ohne Probleme bearbeitet, die zweite nicht. Das selbe wenn ich den makeblastdb-Befehl direkt im Terminal ausführe. Allerdings, öffne ich die Datei, füge einen Buchstaben hinzu, lösche diesen wieder, klappt es im Terminal. Der Editor frägt mich allerdings ob die Datei writeable gemacht werden soll (das gleiche allerdings auch mit der ersten Datei, die ja klappt). Mit ls -n zeigen beide Dateien die gleichen rw-Werte.
So wird die erste Datei erstellt:
Code (perl): (dl )

1 2 3 4 5 6 7 8 9

if ($sequence1 =~ /^>(.+)/) { $handle_ref = $1; $handle_ref =~ s/\s+//g; } $datei1 = $handle_ref.".txt"; open (SEQFILE1, "> $upload_directory/$datei1"); chomp ($sequence1); print SEQFILE1 $sequence1; close (SEQFILE1);
Und so die zweite Datei:
Code (perl): (dl )

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12

open (DATEI2, "> $upload_directory/$datei2") or die "Couldn't open: $!"; while ($i < length ($seq) ) { ... if ($ii == 50) { print DATEI2 "\n>$kopf\n$dna"; $dna = ""; $seq_dna = ""; $ii = 0; $iii++; } } close DATEI2;
Über Anmerkungen würde ich mich freuen. Vielleicht hat ja jemand eine Idee!

Viele Dank schonmal für's lesen!
Grüße,
janosch
- +2 replies
- bianca
  
  2012-05-11 05:24
  
  User since
  2009-09-13
  7016 Artikel
  BenutzerIn
  
  Welcher User ist denn Besitzer der Datei nachdem das Script die Datei geschrieben hat?
  Gibt es einen Besitz-Unterschied, wenn die Datei im Terminal geschrieben wird?
  10 print "Hallo"
  20 goto 10
  - Riboflavin
    
    2012-05-11 06:05
    User since
    2012-04-21
    11 Artikel
    BenutzerIn
    
    Hallo,
    beide Dateien gehören dem gleichen Benutzer.
    
    Code: (dl )
    
    1 2 3 4 5
    
    -rw-r--r-- 1 _www staff 176K 10 Mai 22:21 gi30018278.txt -rw-r--r-- 1 _www staff 73B 10 Mai 22:21 gi30018278.txt.nhr -rw-r--r-- 1 _www staff 136B 10 Mai 22:21 gi30018278.txt.nin -rw-r--r-- 1 _www staff 43K 10 Mai 22:21 gi30018278.txt.nsq -rw-r--r-- 1 _www staff 174K 10 Mai 22:21 temp.txt
    
    gi30018278 entspricht der ersten Datei (*.txt.nhr, *.txt.nin, *.txt.nsq sind die neu generierten makeblastdb Dateien). temp.txt entspricht der zweiten Datei.
- +5 replies
- pq
  
  2012-05-11 09:44
  
  User since
  2003-08-04
  12208 Artikel
  Admin1
  
  fehlt dem programm vielleicht ein zeilenumbruch am ende?
  vergleich doch einfach mal die datei vorher und nachdem du sie editierst.
  Always code as if the guy who ends up maintaining your code will be a violent psychopath who knows where you live. -- Damian Conway in "Perl Best Practices"
  lesen: Wie frage ich & perlintro brian's Leitfaden für jedes Perl-Problem
  - +4 replies
  - Riboflavin
    
    2012-05-11 14:20
    
    User since
    2012-04-21
    11 Artikel
    BenutzerIn
    
    Vielen Dank für den Tipp, pq.
    Mhhh, ich benutzt hier auf dem Mac den Textwrangler, und dies zeigt mir an, dass die Datei 1 mit "Windows(CRLF)" (Kodierung? sagt man dies) abgespeichert wird, die Datei 2 aber mit "Unix(LF)" (LF für LineFormat?). Ändere ich diese in Datei 2 auf "Windows(CRLF)" um geht der makeblastdb Befehl. Warum aber die zwei Dateien unterschiedlich abgespeichert werden... ich schau nochmals nach zusätzlichen Zeilenumbrüchen im Perl-Script.
    - +3 replies
    - GwenDragon
      
      2012-05-11 14:28
      
      User since
      2005-01-17
      14761 Artikel
      Admin1
      
      Um dir Ärger zu ersparen, solltest du gleich im Editor als Standard (für Linux-Ziele) den Zeilenumbruch auf LF einstellen.
      
      Ich kenne auch das Theater mit Dateien, die nicht als Textdatei auf Server hochgeladen wurden und dann beim Auslesen Probleme machten.
      Abhilfe: Beim Einlesen im Perl-Programm gleich bei der Datenzeile mit Perls s dann \x0D\x0A -> \n umwandeln.
      die Drachin Gwen
      
      Meine Perl-Artikel · perldev – verschiedene Perl-Versionen unter Windows starten
      - +2 replies
      - Riboflavin
        
        2012-05-11 17:24
        
        User since
        2012-04-21
        11 Artikel
        BenutzerIn
        
        Auch Dir GwenDragon vielen Dank für den Hinweis mit den Hexzeichen!
        Jetzt hat es geklappt und es läuft erstmal alles auf dem Mac!
        Vielen Dank nochmals für die Hilfe!
        
        GwenDragon
        
        2012-05-11 17:28
        
        User since
        2005-01-17
        14761 Artikel
        Admin1
        
        Bitte. ;)
        
        Übrigens gibt es noch das Programm dos2unix (jedenfalls unter Linux und MacOSX ist ja nicht anders) zum Umwandeln ins richtige Format.
        die Drachin Gwen
        
        Meine Perl-Artikel · perldev – verschiedene Perl-Versionen unter Windows starten

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