Vielen Dank für den Tipp, pq.
Mhhh, ich benutzt hier auf dem Mac den Textwrangler, und dies zeigt mir an, dass die Datei 1 mit "Windows(CRLF)" (Kodierung? sagt man dies) abgespeichert wird, die Datei 2 aber mit "Unix(LF)" (LF für LineFormat?). Ändere ich diese in Datei 2 auf "Windows(CRLF)" um geht der makeblastdb Befehl. Warum aber die zwei Dateien unterschiedlich abgespeichert werden... ich schau nochmals nach zusätzlichen Zeilenumbrüchen im Perl-Script.