Um dir Ärger zu ersparen, solltest du gleich im Editor als Standard (für Linux-Ziele) den Zeilenumbruch auf LF einstellen.

Ich kenne auch das Theater mit Dateien, die nicht als Textdatei auf Server hochgeladen wurden und dann beim Auslesen Probleme machten.
Abhilfe: Beim Einlesen im Perl-Programm gleich bei der Datenzeile mit Perls s dann \x0D\x0A -> \n umwandeln.