Translation mit Perl: Schreibe ein Programm das mit mRNA trans (Allgemeines zu Perl)

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Translation mit Perl: Schreibe ein Programm das mit mRNA trans

Leser: 3

Gast Gast

2007-02-26 15:18

Hallo zusammen, ich hätte hier mal eine große Herrausforderung zu bewältigen, die mich zum verzweifeln bringt. Könntet ihr mir bitte helfen????

Aufgabe:
Die mRNA soll als Datei im FASTA-Form eingelesen werden. Sie soll in eine Aminosäureabfolge im 1-Buchstabencode umgewandelt in eine neue Fasta-Datei ausgegeben werden.
Auf dem Bildschirm soll der Name deine einzugebenen Fatsa-Datei mit der jeweilis typischen 1. Zeile im Fasta_Format angezeigt werden.

Programminhalte:
Initialisierung eines Hashs %Standardcod
Standardinput für einzugebende Datei
Trennung der 1. Zeile der Fasta-Datei
Verändern der 1. Zeile, ersetzen mRNA mit Protein
Bildung eines Strings Triplets
Übersetzung der Triplets mit Suchen und Ersétzen
Berechnung der Anzahl der Aminosäuren
Bildschirmausgabe
Dateiausgabe

Taulmarill

2007-02-26 15:23

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mRNA und FASTA sagen mir jetzt nicht viel, aus dem Kontext gehe ich aber mal davon aus, dass das was mit Genetik im weitesten Sinne zu tun hat.

Damit wir dir helfen können, währe es gut, wenn du mal Beispiele für Eingabe und Ausgabe posten bzw. verlinken könntest. Außerdem macht es immer einen guten Eindruck, wenn du den Code, der bei dir nicht funktioniert postest. Ansonsten bekommt man das Gefühl, dass wir das Programm für dich schreiben sollen.

$_=unpack"B*",~pack"H*",$_ and y&1|0& |#&&print"$_\n"for@.=qw BFA2F7C39139F45F78 0A28104594444504400 0A2F107D54447DE7800 0A2110453444450500 73CF1045138445F4800 0 F3EF2044E3D17DE 8A08A0451412411 F3CF207DF41C79E 820A20451412414 83E93C4513D17D2B

renee

2007-02-26 15:31

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Zum Einlesen der FASTA-Datei kannst Du z.B. CPAN:

Bio::FASTASequence nehmen, bzw. CPAN:

Bio::FastaStream.

Für die Ersetzung eines Triplets nimmst Du am besten einen Hash:

Code: (dl )

my %triplets = (AAA => 'K', AAG => 'K', GGA => 'G',);

my $sequence = 'AAAGGAAAG';
$sequence =~ s/(.{3})/$triplets{$1}/g;
print $sequence;

OTRS-Erweiterungen (http://feature-addons.de/)
Frankfurt Perlmongers (http://frankfurt.pm/)
--

Unterlagen OTRS-Workshop 2012: http://otrs.perl-services.de/workshop.html
Perl-Entwicklung: http://perl-services.de/

MisterL

2007-02-26 17:23

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Also wenn noch mehr zur Bioinformatik (englisch) gesucht werden sollte: das Buch ist online verfügbar und enthält Perl Codes. Z.B. zu regulären Ausdrücken.

Gruss MisterL

“Perl is the only language that looks the same before and after RSA encryption.”

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