Translation mit Perl: Schreibe ein Programm das mit mRNA trans - #74593 (Allgemeines zu Perl)

renee

2007-02-26 15:31

User since
2003-08-04
14371 Artikel
ModeratorIn

Zum Einlesen der FASTA-Datei kannst Du z.B. CPAN:

Bio::FASTASequence nehmen, bzw. CPAN:

Bio::FastaStream.

Für die Ersetzung eines Triplets nimmst Du am besten einen Hash:

Code: (dl )

my %triplets = (AAA => 'K', AAG => 'K', GGA => 'G',);

my $sequence = 'AAAGGAAAG';
$sequence =~ s/(.{3})/$triplets{$1}/g;
print $sequence;