wenn das das ganz normale ActiveState Perl ist, sollte das eigendlich nichts mit Cygwin zu tun haben.
falls du das script aber unter der Cygwin bash startest, solltest du evtl. mal versuchen Cygwin aussen vor zu lassen (also z.B. mit Win32 Shell starten, oder einfach per doppelklick), ich könnte mir vorstellen, dass Cygwin bei dateizugriffen ausbremst, da es ja eine *NIX struktur vortäuschen muss.
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