Zeichenkette mehrfach aus String lesen und Position verwenden (Allgemeines zu Perl)

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Zeichenkette mehrfach aus String lesen und Position verwenden

Tags: perl5 Ähnliche Threads

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+6 replies
Gast singsang

2013-05-02 20:59
Guten Tag liebe Perl-Community,

seit zwei Stunden durchsuche ich jetzt schon das Web, konnte aber bislang keine Lösung für mein Problem finden. Ich schätze dennoch, dass die Lösung recht elementar sein dürfte. Ich hoffe jemand kann mir dabei helfen!

Folgendes:
Ich habe einen String der 10^6 Zeichen enthält. Genau genommen ist es eine reine DNA-Sequenz, besteht also nur aus den Zeichen A, G, C und T.
Ich suche in meinem String die Zeichenfolge 'AATAAA'. Dabei möchte ich jedes Mal, wenn diese Folge in meinem String auftaucht, auch noch dessen Position extrahieren.
Ich schaffe dies leider bisher nur für das erste 'AATAAA' (mithilfe einer RegExp und index() ), die Nachfolgenden werden so natürlich nicht erkannt:
Code (perl): (dl )

1 2 3 4 5 6

if ($dnaseq=~m/aataaa/gi){ $pos = index($dnaseq, 'AATAAA'); substr($sigseq, $pos+5, 1, "P"); }
Die Position der Zeichenkette brauche ich jeweils, um sie in einem anderen String an der selben Stelle zu markieren.

Ps. Die SuFu in diesem Forum hat leider auch nichts gefunden.

Grüße, singsang
Last edited: 2013-05-02 21:20:58 +0200 (CEST)
- Raubtier
  
  2013-05-02 21:36
  User since
  2012-05-04
  1081 Artikel
  BenutzerIn
  Du hast die Lösung doch schon fast :-)
  
  Sie lautet: index! perldoc -f index erzählt dir, dass es einen dritten Parameter gibt, die Anfangsposition.
  
  Einfaches Beispiel:
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13
  
  use strict; use warnings; my $pos = getPosition(0); while ($pos>=0) { print "Gefunden bei $pos\n"; $pos = getPosition($pos+1); } sub getPosition { my ($start) = @_; return index("xxAxxAxxxA", "A", $start); }
- +4 replies
- Linuxer
  
  2013-05-02 22:52
  User since
  2006-01-27
  3891 Artikel
  HausmeisterIn
  Man kann auch mit einem globalen Regex-Matching arbeiten, das in einer while()-Schleife steckt.
  Mit pos() kann man abfragen, an welcher Stelle der "Suchzeiger" des Regex im zu durchsuchenden Skalar aktuell steht.
  Da die Position in diesem Beispiel immer direkt hinter dem Treffer liegt, ist die Länge des Suchbegriffs davon abzuziehen.
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
  
  #! /usr/bin/env perl use strict; use warnings; use 5.016; # Position 0 10 20 # | | | my $string = "123abc789def345abc901"; my $search = "abc"; my $length = length($search); while ( $string =~ m/$search/gi ) { say pos($string)-$length; } __END__
  
  Resultat:
  
  Code: (dl )
  
  1 2 3
  
  $ perl /tmp/t.pl 3 15
  
  Last edited: 2013-05-02 22:54:04 +0200 (CEST)
  meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
  Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!
  - +2 replies
  - Muffi
    
    2013-05-02 23:11
    
    User since
    2012-07-18
    1465 Artikel
    BenutzerIn
    
    In $-[0] sollt die Startposition auch stehn
    1 + 1 = 10
    - Linuxer
      
      2013-05-02 23:23
      
      User since
      2006-01-27
      3891 Artikel
      HausmeisterIn
      
      jap, schaut gut aus. Danke.
      meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
      Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!
  - Gast singsang
    
    2013-05-03 09:04
    Vielen Danke, die pos() Funktion hat's bei mir gelöst :)
    Hier das Ergebnis :
    
    Code (perl): (dl )
    
    1 2 3 4
    
    my $search = "AATAAA"; while ( $dnaseq =~ m/$search/gi ) { substr($sigseq, pos($dnaseq), 1, "P"); }
    
    Glücklicher brauchte ich auch genau die Position des letzten Zeichens im Suchstring, sodass ich da nichts mehr subtrahieren musste.
    Last edited: 2013-05-03 09:25:13 +0200 (CEST)

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