Opened by singsang at 2013-05-02 20:59
Guten Tag liebe Perl-Community,
seit zwei Stunden durchsuche ich jetzt schon das Web, konnte aber bislang keine Lösung für mein Problem finden. Ich schätze dennoch, dass die Lösung recht elementar sein dürfte. Ich hoffe jemand kann mir dabei helfen!
Folgendes:
Ich habe einen String der 10^6 Zeichen enthält. Genau genommen ist es eine reine DNA-Sequenz, besteht also nur aus den Zeichen A, G, C und T.
Ich suche in meinem String die Zeichenfolge 'AATAAA'. Dabei möchte ich jedes Mal, wenn diese Folge in meinem String auftaucht, auch noch dessen Position extrahieren.
Ich schaffe dies leider bisher nur für das erste 'AATAAA' (mithilfe einer RegExp und index() ), die Nachfolgenden werden so natürlich nicht erkannt:
Die Position der Zeichenkette brauche ich jeweils, um sie in einem anderen String an der selben Stelle zu markieren.
Ps. Die SuFu in diesem Forum hat leider auch nichts gefunden.
Grüße, singsang
Last edited: 2013-05-02 21:20:58 +0200 (CEST)
seit zwei Stunden durchsuche ich jetzt schon das Web, konnte aber bislang keine Lösung für mein Problem finden. Ich schätze dennoch, dass die Lösung recht elementar sein dürfte. Ich hoffe jemand kann mir dabei helfen!
Folgendes:
Ich habe einen String der 10^6 Zeichen enthält. Genau genommen ist es eine reine DNA-Sequenz, besteht also nur aus den Zeichen A, G, C und T.
Ich suche in meinem String die Zeichenfolge 'AATAAA'. Dabei möchte ich jedes Mal, wenn diese Folge in meinem String auftaucht, auch noch dessen Position extrahieren.
Ich schaffe dies leider bisher nur für das erste 'AATAAA' (mithilfe einer RegExp und index() ), die Nachfolgenden werden so natürlich nicht erkannt:
Code (perl): (dl
)
1 2 3 4 5 6
if ($dnaseq=~m/aataaa/gi){ $pos = index($dnaseq, 'AATAAA'); substr($sigseq, $pos+5, 1, "P"); }
Die Position der Zeichenkette brauche ich jeweils, um sie in einem anderen String an der selben Stelle zu markieren.
Ps. Die SuFu in diesem Forum hat leider auch nichts gefunden.
Grüße, singsang
Last edited: 2013-05-02 21:20:58 +0200 (CEST)