Linux commands aus Perl (Allgemeines zu Perl)

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Linux commands aus Perl

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+16 replies
Gast lordy

2013-04-23 15:16
Hi

Ich hätte versucht aus Perl heraus Kommandos mittels "system" an Linux abzusetzen leider funktioniert das nicht immer so ganz. Beispielsweise ist es auf einem Server nötig ein Module zu laden. Was mittels
Code: (dl )

1 2

xyz@xyz> module add gromacs xyz@xyz>
wunderbar funktioniert aber leider nicht von Perl aus:
Code: (dl )

system "module add gromacs";
Can't exec "module": No such file or directory at ../start_pr.pl line 18.

Was muss ich da anders machen?

thx
Lordy
Last edited: 2013-04-23 15:27:51 +0200 (CEST)
- pq
  
  2013-04-23 15:32
  
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  2003-08-04
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  Admin1
  
  unter linux kannst du programme ohne absoluten pfad aufrufen, weil es eine umgebungsvariable PATH gibt, und die darin enthaltenen verzeichnisse auf die existenz des programms durchsucht werden.
  vermutlich ist die PATH-variable im perl-skript anders belegt oder leer.
  wird das skript in derselben umgebung vom selben user aufgerufen? prüfe $ENV{PATH} und rufe das programm im zweifel mit dem absoluten pfad auf, also etwa /usr/bin/module
  Always code as if the guy who ends up maintaining your code will be a violent psychopath who knows where you live. -- Damian Conway in "Perl Best Practices"
  lesen: Wie frage ich & perlintro brian's Leitfaden für jedes Perl-Problem
- Raubtier
  
  2013-04-23 15:41
  
  User since
  2012-05-04
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  BenutzerIn
  
  Ist "module" vielleicht ein alias? Wenn ja, dann ruf mal das dahinter stehende Programm auf.
- +13 replies
- clms
  
  2013-04-23 15:51
  User since
  2010-08-29
  373 Artikel
  BenutzerIn
  Guest lordy
  Hi
  
  Ich hätte versucht aus Perl heraus Kommandos mittels "system" an Linux abzusetzen leider funktioniert das nicht immer so ganz. Beispielsweise ist es auf einem Server nötig ein Module zu laden. Was mittels
  
  Code: (dl )
  
  1 2
  
  xyz@xyz> module add gromacs xyz@xyz>
  
  wunderbar funktioniert aber leider nicht von Perl aus:
  
  Code: (dl )
  
  system "module add gromacs";
  
  Can't exec "module": No such file or directory at ../start_pr.pl line 18.
  
  Was muss ich da anders machen?
  
  Erstmal mußt Du heraus bekommen, warum das nicht funktioniert.
  Tipp in Deiner normalen Shell mal
  
  Code: (dl )
  
  xyz@xyz> which module
  
  Entweder ist module ein Alias, der in der von system aufgemachten Shell nicht existiert, oder der Suchpfad stimmt nicht. In diesem Fall kannst Du module unter Angabe des absoluten Pfades starten (oder den Pfad vorher erweitern).
  
  Aber Vorsicht:
  Ich weiss nicht, was Dein module genau macht. Wenn es nur Environment-Variablen setzt/verändert um andere Kommandos vorzubereiten (solche ein module Skript verwenden wir hier), muss Dir bewußt sein, dass das nur für Shell gilt, die das system-Kommando aufmacht. D.h. wenn das system beendet ist, ist auch die Shell beendet. Das nächste system-Kommando bekommt von dem vorhergehenden module dann nix mit.
  Du kannst das mit system("module add gromacs; gromacs") umgehen. da werden beide Kommandos in der gleichen Shell ausgeführt.
  - +12 replies
  - Gast lordy
    
    2013-04-24 11:17
    Also "which module" liefert:
    
    Code: (dl )
    
    which: no module in (/usr/local/packages/budgets/bolt/bin:/usr/local/packages/budgets/bin:/opt/pbs/10.2.2.113537/bin:/opt/cray/atp/1.6.0/bin:/opt/cray/xt-asyncpe/5.17/bin:/opt/cray/rca/1.0.0-2.0400.31553.3.58.gem/bin:/opt/cray/pmi/4.0.0-1.0000.9282.69.4.gem/bin:/opt/toolworks/totalview.8.11.0-0/bin:/opt/totalview-support/1.1.4/bin:/opt/cray/cce/8.1.4/cray-binutils/x86_64-unknown-linux-gnu/bin:/opt/cray/cce/8.1.4/craylibs/x86-64/bin:/opt/cray/cce/8.1.4/cftn/bin:/opt/cray/cce/8.1.4/CC/bin:/opt/cray/llm/default/bin:/opt/cray/llm/default/etc:/opt/cray/xpmem/0.1-2.0400.31280.3.1.gem/bin:/opt/cray/dmapp/3.2.1-1.0400.4255.2.159.gem/bin:/opt/cray/ugni/2.3-1.0400.4374.4.88.gem/bin:/opt/cray/udreg/2.3.1-1.0400.4264.3.1.gem/bin:/opt/cray/lustre-cray_gem_s/1.8.6_2.6.32.45_0.3.2_1.0400.6453.7.1-1.0400.38471.0.0/sbin:/opt/cray/lustre-cray_gem_s/1.8.6_2.6.32.45_0.3.2_1.0400.6453.7.1-1.0400.38471.0.0/bin:/opt/cray/MySQL/5.0.64-1.0000.5053.22.1/sbin:/opt/cray/MySQL/5.0.64-1.0000.5053.22.1/bin:/opt/cray/sdb/1.0-1.0400.32124.7.19.gem/bin:/opt/cray/nodestat/2.2-1.0400.31264.2.5.gem/bin:/opt/modules/3.2.6.7/bin:/home/e10/e10/bknapp/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/X11R6/bin:/usr/games:/usr/lib64/jvm/jre/bin:/usr/lib/mit/bin:/usr/lib/mit/sbin:.:/opt/cray/bin)
    
    Last edited: 2013-04-24 11:21:04 +0200 (CEST)
    - Linuxer
      
      2013-04-24 11:22
      
      User since
      2006-01-27
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      HausmeisterIn
      
      Und welche Ausgaben bringen type module und alias module?
      Last edited: 2013-04-24 11:34:09 +0200 (CEST)
      meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
      Die Sprache heisst Perl, nicht PERL. - Bitte Crossposts als solche kenntlich machen!
    - +10 replies
    - clms
      
      2013-04-24 12:38
      
      User since
      2010-08-29
      373 Artikel
      BenutzerIn
      
      Guest lordy
      Also "which module" liefert:
      
      Code: (dl )
      
      which: no module in (/usr/local/packages/budgets/bolt/bin:/usr/local/packages/budgets/bin:/opt/pbs/10.2.2.113537/bin:/opt/cray/atp/1.6.0/bin:/opt/cray/xt-asyncpe/5.17/bin:/opt/cray/rca/1.0.0-2.0400.31553.3.58.gem/bin:/opt/cray/pmi/4.0.0-1.0000.9282.69.4.gem/bin:/opt/toolworks/totalview.8.11.0-0/bin:/opt/totalview-support/1.1.4/bin:/opt/cray/cce/8.1.4/cray-binutils/x86_64-unknown-linux-gnu/bin:/opt/cray/cce/8.1.4/craylibs/x86-64/bin:/opt/cray/cce/8.1.4/cftn/bin:/opt/cray/cce/8.1.4/CC/bin:/opt/cray/llm/default/bin:/opt/cray/llm/default/etc:/opt/cray/xpmem/0.1-2.0400.31280.3.1.gem/bin:/opt/cray/dmapp/3.2.1-1.0400.4255.2.159.gem/bin:/opt/cray/ugni/2.3-1.0400.4374.4.88.gem/bin:/opt/cray/udreg/2.3.1-1.0400.4264.3.1.gem/bin:/opt/cray/lustre-cray_gem_s/1.8.6_2.6.32.45_0.3.2_1.0400.6453.7.1-1.0400.38471.0.0/sbin:/opt/cray/lustre-cray_gem_s/1.8.6_2.6.32.45_0.3.2_1.0400.6453.7.1-1.0400.38471.0.0/bin:/opt/cray/MySQL/5.0.64-1.0000.5053.22.1/sbin:/opt/cray/MySQL/5.0.64-1.0000.5053.22.1/bin:/opt/cray/sdb/1.0-1.0400.32124.7.19.gem/bin:/opt/cray/nodestat/2.2-1.0400.31264.2.5.gem/bin:/opt/modules/3.2.6.7/bin:/home/e10/e10/bknapp/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/X11R6/bin:/usr/games:/usr/lib64/jvm/jre/bin:/usr/lib/mit/bin:/usr/lib/mit/sbin:.:/opt/cray/bin)
      
      Und wie kannst Du module in Deiner normalen Shell ausführen, wenn es laut which auch dort nicht bekannt ist?
      - +9 replies
      - Linuxer
        
        2013-04-24 13:15
        
        User since
        2006-01-27
        3890 Artikel
        HausmeisterIn
        
        naja, wenn es eine (selbstdefinierte (User oder Distribution)) Funktion der Shell ist, dann greift which da nicht (afaik).
        Je nach Konfiguration des which kann es auch sein, dass which keine Aliase erkennt...
        Es gibt da schon noch Möglichkeiten, warum ein Kommando funktioniert, which aber das Kommando nicht finden kann.
        meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
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        +8 replies
        
        clms
        
        2013-04-24 14:44
        
        User since
        2010-08-29
        373 Artikel
        BenutzerIn
        
        2013-04-24T11:15:44 Linuxer
        naja, wenn es eine (selbstdefinierte (User oder Distribution)) Funktion der Shell ist, dann greift which da nicht (afaik).
        Je nach Konfiguration des which kann es auch sein, dass which keine Aliase erkennt...
        Es gibt da schon noch Möglichkeiten, warum ein Kommando funktioniert, which aber das Kommando nicht finden kann.
        
        Kommt wahrscheinlich auf das which an. Ich bekomme
        
        Code: (dl )
        
        1 2
        
        > which which which: shell built-in command.
        
        und
        
        Code: (dl )
        
        1 2
        
        > which ll ll: aliased to ls -la
        
        Da fallen mir nicht mehr viele Möglichkeiten ein, warum ein Kommando funktionieren sollte ohne dass which es finden kann.
        
        +7 replies
        
        Linuxer
        
        2013-04-24 14:47
        
        User since
        2006-01-27
        3890 Artikel
        HausmeisterIn
        
        Ja, das meinte ich mit "je nach Konfiguration des which"...
        
        bei mir:
        
        Code: (dl )
        
        1 2 3
        
        $ which which alias which='alias | /usr/bin/which --tty-only --read-alias --show-dot --show-tilde' /usr/bin/which
        
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        +6 replies
        
        Gast lordy
        
        2013-04-25 11:27
        
        Code: (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
        
        type module module is a function module () { eval `/opt/modules/3.2.6.7/bin/modulecmd bash $*` } alias module -bash: alias: module: not found
        
        nur ist mir leider nach wie vor nicht klar was ich jetzt im perlscript schreiben soll damit ich das gromacs module laden kann. wenn ich es zb mit
        
        Code: (dl )
        
        /opt/modules/3.2.6.7/bin/modulecmd bash add gromacs
        
        versuche dann kommt
        
        Code: (dl )
        
        1 2 3
        
        GMXLIB=/usr/local/packages/gmx/4.6.0-phase3/share/gromacs/top ;export GMXLIB;GMX_DIR=/usr/local/packages/gmx/4.6.0-phase3 ;export GMX_DIR;GMX_INCLUDE_OPTS=/usr/local/packages/gmx/4.6.0-phase3/include ;export GMX_INCLUDE_OPTS;LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/packages/gmx/4.6.0-phase3/lib ; ...und noch sehr viel mehr
        
        ... aber funktionieren tut Gromacs nachher nicht.
        
        lg
        Lordy
        Last edited: 2013-04-25 11:39:17 +0200 (CEST)
        
        +4 replies
        
        Linuxer
        
        2013-04-25 11:50
        
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        2006-01-27
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        HausmeisterIn
        
        module ist eine eigens definierte Funktion in der Shell.
        
        Code: (dl )
        
        1 2 3 4
        
        module () { eval `/opt/modules/3.2.6.7/bin/modulecmd bash $*` }
        
        Zuerst führt diese Funktion das Kommando /opt/modules/3.2.6.7/bin/modulecmd bash $* aus; $* wird dabei ersetzt durch die übergebenene Argumente.
        Die Ausgabe, die davon generiert wird, wird anschließend durch das eval hergenommen und als Kommando ausgeführt.
        
        Dabei werden diverse Umgebungsvariablen gesetzt und dann am Ende müsste dannnoch ein Kommandoaufruf stehen.
        
        Schnellschuß:
        
        Du könntest den Inhalt der Funktion in ein Shell-Skript packen und dieses ausführbar machen und aus dem Perl-Skript heraus aufrufen. Ich vermute, dass es um die Bash geht, daher baue ich darauf auf:
        
        module.sh:
        
        Code (shell): (dl )
        
        1 2 3
        
        #! /bin/sh eval `/opt/modules/3.2.6.7/bin/modulecmd bash $*`
        
        Lege diese "module.sh" im Dateisystem ab und rufe es dann aus dem Perl-Skript heraus auf:
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7
        
        my @cmd = ( '/path/to/module.sh', 'add', 'modulename', ); system( @cmd ) == 0 or die "Could not execute '@cmd': $!\n";
        
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        +3 replies
        
        Gast lordy
        
        2013-04-25 12:54
        
        funkioniert leider nicht mit dem bash-script:
        
        Code: (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
        
        xzy@xzy> cat ./module.sh #! /bin/sh eval `/opt/modules/3.2.6.7/bin/modulecmd bash $*` xzy@xzy> ./module.sh add gromacs xzy@xzy> grompp -h If 'grompp' is not a typo you can run the following command to lookup the package that contains the binary: command-not-found grompp -bash: grompp: command not found xzy@xzy> module add gromacs xzy@xzy> grompp -h :-) G R O M A C S (-: Getting the Right Output Means no Artefacts in Calculating Stuff :-) VERSION 4.6-GPU-dev-20120501-ec56c (-:
        
        Last edited: 2013-04-25 13:13:33 +0200 (CEST)
        
        pq
        
        2013-04-25 13:18
        
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        2003-08-04
        12208 Artikel
        Admin1
        
        in dem shellskript werden umgebungsvariablen gesetzt. nach beendigung des skripts sind diese dann aber auch wieder weg.
        üblicherweise löst man das, indem man das shellscript mit source aufruft:
        source ./module.sh add gromacs
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        lesen: Wie frage ich & perlintro brian's Leitfaden für jedes Perl-Problem
        
        Linuxer
        
        2013-04-25 14:20
        
        User since
        2006-01-27
        3890 Artikel
        HausmeisterIn
        
        Siehe pqs Antwort.
        
        Mir drängt sich eine Frage immer mehr auf; was ist das denn für ein seltsames System?
        Sowas habe ich, wenn ich das schon mal gesehen haben sollte, schon lange nicht mehr gesehen ;-)
        
        Die Funktion läuft ja im Kontext der aktuellen Shell; ein Shellskript wird in aller Regel mit einer eigenen Shell-Instanz gestartet. Änderungen an der Umgebung sind daher mit Ende des Skriptes wieder verloren.
        Daher braucht es den Weg, den pq aufgezeigt hat, um das Shell-Skript im Kontext der aktuellen Shell aufzurufen.
        
        Keine Ahnung, was Du eigentlich vorhast, aber mir scheint, dass das mit dem Perl-Skript nicht einfacher wird...
        Last edited: 2013-04-25 14:23:32 +0200 (CEST)
        meine Beiträge: I.d.R. alle Angaben ohne Gewähr und auf Linux abgestimmt!
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        Raubtier
        
        2013-04-25 12:11
        
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        2012-05-04
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        BenutzerIn
        
        Du darfst das eval nicht weglassen!
        
        Beispiel:
        
        Code: (dl )
        
        1 2
        
        $ perl -we'system q(eval `echo echo hallo`)' hallo
        
        Dagegen wenn das eval fehlt:
        
        Code: (dl )
        
        1 2
        
        $ perl -we'system q(echo echo hallo)' echo hallo

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