unter linux kannst du programme ohne absoluten pfad aufrufen, weil es eine umgebungsvariable PATH gibt, und die darin enthaltenen verzeichnisse auf die existenz des programms durchsucht werden.
vermutlich ist die PATH-variable im perl-skript anders belegt oder leer.
wird das skript in derselben umgebung vom selben user aufgerufen? prüfe $ENV{PATH} und rufe das programm im zweifel mit dem absoluten pfad auf, also etwa /usr/bin/module