syntax error über mehrere Zeilen trotz Semikolon (Allgemeines zu Perl)

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syntax error über mehrere Zeilen trotz Semikolon

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+9 replies
Gast bioinformatics

2012-09-26 17:06
Hallo perl community,

ich nutze Perl Version 5.10.1 und suche nach dem Fehler in meinem Script.

syntax error at blat_input.pl line 177, near "@$#hashref->{$query};

print"
Execution of blat_input.pl aborted due to compilation errors.

blat_data ist ein Array mit Daten die ich auslesen und auswerten möchte an Hand eines score Wertes. Ich verstehe nicht ganz warum der Compiler denkt, dass der Befehl nach den Semikolon weitergeht. Egal was ich darunter schreibe. Es entsteht immer ein syntax error. Schreibe ich nichts mehr darunter bis zur nächsten "}" ensteht kein Fehler.
Code: (dl )

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for ($i = 0; $i < @blat_data; $i++) { my @splitted_row = split /\t/, $blat_data [$i]; my $query_id = $splitted_row[9]; if ($query_id eq $query_id_alt) { $count++; } else { $query_id_alt = $query_id; $count = 0; } $score = (($splitted_row[0] + ($splitted_row[2]>>1)) - $splitted_row[1] - $splitted_row[4] - $splitted_row[6]); #score = (match + (repMatch>>1)) - misMatch - qGapCount - tGapCount $hashref->{$query_id}->[$count] = $score; #reference on score } for (keys %$hashref) { $query = $_; $hashref->{$query}->[$idxMax] > $hashref->{$query}->[$_] or $idxMax = $_ for 1 .. @$#hashref->{$query}; #finds the index of the biggest array element print "Hello World\n"; }
Hoffe ihr könnte mir weiterhelfen und schon mal danke für alle kommenden Antworten.

mfg
Last edited: 2012-09-26 17:09:41 +0200 (CEST)
- +6 replies
- murphy
  
  2012-09-26 17:12
  User since
  2004-07-19
  1776 Artikel
  HausmeisterIn
  Guest bioinformatics
  [...]
  syntax error at blat_input.pl line 177, near "@$#hashref->{$query};
  [...]
  
  Dieser Ausdruck ergibt keinen Sinn. Vermutlich meinst Du
  
  Code (perl): (dl )
  
  $#{$hashref->{$query}}
  
  When C++ is your hammer, every problem looks like your thumb.
  - +2 replies
  - Gast bioinformatics
    
    2012-09-27 09:47
    Hi murphy,
    
    danke für deine schnelle Antwort. Wenn ich die geschweiften Klammern allerdings hinzufüge, erkennt er das Ganze nur noch als Kommentar.
    
    Vielleicht noch zur Information: Ich habe versucht den Index des größten Array Elements zu finden und wollte dabei eine möglichst kurze Varianten haben. Beim Suchen im Internet habe ich dann diesen Einzeiler gefunden
    
    Code: (dl )
    
    $all_scores[$idxMax] > $all_scores[$_] or $idxMax = $_ for 1 .. $#all_scores;
    
    Der hat auch gut funktioniert. Nur seit ich mein Script mit hash Referenzen erweitert habe, scheint der Einzeiler syntaktisch nicht mehr zu funktionieren.
    Last edited: 2012-09-27 09:53:50 +0200 (CEST)
    - pq
      
      2012-09-27 10:03
      
      User since
      2003-08-04
      12208 Artikel
      Admin1
      
      Guest bioinformatics
      danke für deine schnelle Antwort. Wenn ich die geschweiften Klammern allerdings hinzufüge, erkennt er das Ganze nur noch als Kommentar.
      
      wer er? dein editor vielleicht, ja. aber perl doch nicht.
      Always code as if the guy who ends up maintaining your code will be a violent psychopath who knows where you live. -- Damian Conway in "Perl Best Practices"
      lesen: Wie frage ich & perlintro brian's Leitfaden für jedes Perl-Problem
  - +3 replies
  - Gast bioinformatics
    
    2012-09-27 10:14
    OK sorry, hab mich zu sehr auf meinen Editor verlassen. Trotzdem ist der Fehler geblieben :(
    
    Code: (dl )
    
    $hashref->{$query}->[$idxMax] > $hashref->{$query}->[$_] or $idxMax = $_ for 1 .. @$#{hashref->{$query}};
    
    syntax error at blat_input.pl line 177, near "@$#{hashref->{$query}};
    
    print"
    
    Oder sollte ich das "@" Symbol auch wegmachen. Dann bekomme allerdings den Fehler:
    
    Can't use bareword ("hashref") as a HASH ref while "strict refs" in use at blat_input.pl line 175.
    
    Tut mir Leid wenn ich mich grade vielleicht etwas blöd anstelle. Ich arbeite das erste mal mit Referenzen und bin noch nicht ganz durchgestiegen was referenzieren bzw. dereferenzieren angeht.
    Last edited: 2012-09-27 10:27:01 +0200 (CEST)
    - +2 replies
    - pq
      
      2012-09-27 10:28
      
      User since
      2003-08-04
      12208 Artikel
      Admin1
      
      vielleicht solltest du grössere schrift oder eine andere schriftart einstellen ;-)
      murphy schrieb:
      $#{$hashref->{$query}}
      
      du schreibst:
      @$#{hashref->{$query}}
      Always code as if the guy who ends up maintaining your code will be a violent psychopath who knows where you live. -- Damian Conway in "Perl Best Practices"
      lesen: Wie frage ich & perlintro brian's Leitfaden für jedes Perl-Problem
      - Gast bioinformatics
        
        2012-09-27 10:38
        
        OK ich blind :), vielen Dank an euch beide für die schnelle Hilfe. Jetzt geht es erst mal. Bekomme nur noch eine "Use of uninitialized value in numeric gt (>) at blat_input.pl line 175." Meldung, aber die Ausgabe funktioniert sonst. Das dürfte ich aber hinkriegen.
        Last edited: 2012-09-27 10:42:54 +0200 (CEST)
- +2 replies
- betterworld
  
  2012-09-28 10:46
  User since
  2003-08-21
  2614 Artikel
  ModeratorIn
  Guest bioinformatics
  
  Code: (dl )
  
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  for (keys %$hashref) { $query = $_; $hashref->{$query}->[$idxMax] > $hashref->{$query}->[$_] or $idxMax = $_ for 1 .. @$#hashref->{$query}; #finds the index of the biggest array element print "Hello World\n"; }
  
  Der Code wirkt etwas unheimlich, weil $query und $idxMax nirgends deklariert werden. Vielleicht solltest Du noch einmal UseStrict lesen, auch den Abschnitt "Wo sollten Variablen deklariert werden?".
  
  Die Variable $idxMax wird daher auch immer noch den Wert vom letzten Durchlauf der äußeren for-Schleife haben. Sie wird nur erhöht, wenn ein noch größerer Index gefunden wird. Eventuell ist das gewollt. Da ein "}" am Ende fehlt, nehme ich mal an, dass die äußere for-Schleife noch mehr Code enthält, der hier ausgelassen wurde. (So etwas sollte man in Foren vermeiden -- lieber Code posten, der auch direkt von den anderen ausgeführt werden kann.)
  
  Jedenfalls kann man das alles viel einfacher schreiben. Zumindest so:
  
  Code: (dl )
  
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  for my $arrayref (values %$hashref) { $arrayref->[$idxMax] > $arrayref->[$_] or $idxMax = $_ for 1 .. $#arrayref; #finds the index of the biggest array element print "Hello World\n"; }
  
  Hierbei sieht man auch, dass es sich lohnt, Hilfsvariablen zu benutzen, die eine Referenz auf einen Teil der ganzen Datenstruktur sind. So vermeidet man, dass so viele Sonderzeichen auf einen Haufen gebraucht werden. Den Namen $arrayref habe ich hier nur gewählt, weil ich nicht weiß, welche Bedeutung dieses Array hat. Besser wäre natürlich ein Name, der den Sinn verdeutlicht.
  
  Wenn man die Indices nicht explizit braucht, muss man sie in Perl oft gar nicht direkt benutzen. So kann man auch die ersten Zeile umschreiben:
  
  Code: (dl )
  
  1 2
  
  for my $row (@blat_data) { my @splitted_row = split /\t/, $row;
  
  Lieblingsmodule: IPC::System::Simple, Path::Class
  - pq
    
    2012-09-28 10:51
    
    User since
    2003-08-04
    12208 Artikel
    Admin1
    
    es fehlt gar keine klammer am ende. die schleifen sind nur sehr - wie soll ich sagen - kontraproduktiv eingerückt, und das lesen wird durch die langen zeilen noch weiter erschwert...
    Always code as if the guy who ends up maintaining your code will be a violent psychopath who knows where you live. -- Damian Conway in "Perl Best Practices"
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