Opened by bioinformatics at 2012-09-26 17:06
Hallo perl community,
ich nutze Perl Version 5.10.1 und suche nach dem Fehler in meinem Script.
syntax error at blat_input.pl line 177, near "@$#hashref->{$query};
print"
Execution of blat_input.pl aborted due to compilation errors.
blat_data ist ein Array mit Daten die ich auslesen und auswerten möchte an Hand eines score Wertes. Ich verstehe nicht ganz warum der Compiler denkt, dass der Befehl nach den Semikolon weitergeht. Egal was ich darunter schreibe. Es entsteht immer ein syntax error. Schreibe ich nichts mehr darunter bis zur nächsten "}" ensteht kein Fehler.
Hoffe ihr könnte mir weiterhelfen und schon mal danke für alle kommenden Antworten.
mfg
Last edited: 2012-09-26 17:09:41 +0200 (CEST)
ich nutze Perl Version 5.10.1 und suche nach dem Fehler in meinem Script.
syntax error at blat_input.pl line 177, near "@$#hashref->{$query};
print"
Execution of blat_input.pl aborted due to compilation errors.
blat_data ist ein Array mit Daten die ich auslesen und auswerten möchte an Hand eines score Wertes. Ich verstehe nicht ganz warum der Compiler denkt, dass der Befehl nach den Semikolon weitergeht. Egal was ich darunter schreibe. Es entsteht immer ein syntax error. Schreibe ich nichts mehr darunter bis zur nächsten "}" ensteht kein Fehler.
Code: (dl
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for ($i = 0; $i < @blat_data; $i++) {
my @splitted_row = split /\t/, $blat_data [$i];
my $query_id = $splitted_row[9];
if ($query_id eq $query_id_alt) {
$count++;
} else {
$query_id_alt = $query_id;
$count = 0;
}
$score = (($splitted_row[0] + ($splitted_row[2]>>1)) - $splitted_row[1] - $splitted_row[4] - $splitted_row[6]); #score = (match + (repMatch>>1)) - misMatch - qGapCount - tGapCount
$hashref->{$query_id}->[$count] = $score; #reference on score
}
for (keys %$hashref) {
$query = $_;
$hashref->{$query}->[$idxMax] > $hashref->{$query}->[$_] or $idxMax = $_ for 1 .. @$#hashref->{$query}; #finds the index of the biggest array element
print "Hello World\n";
}Hoffe ihr könnte mir weiterhelfen und schon mal danke für alle kommenden Antworten.
mfg
Last edited: 2012-09-26 17:09:41 +0200 (CEST)