Reguläre Ausdrücke suchen (gelöst) (Allgemeines zu Perl)

[thread]17333[/thread]

Reguläre Ausdrücke suchen [gelöst]

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+35 replies
Bionerd

2012-04-18 12:19
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2012-04-18
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BenutzerIn
Hi! Habe Perl noch nicht lange, vorher immer mit Java gearbeitet, aber ich glaube, mein Problem ist mit Perl schneller zu lösen.
Ich möchte ein File einlesen und in diesem nach regulären Ausdrücken suchen.
Dabei ist zu beachten, dass immer nur Paare gefunden werden sollen, sprich ich schaue welches Muster kommt mit welchem anderen vor...
Wenn die Muster gefunden werden, wüsste ich gern, in welcher Zeile sie gefunden werden, sprich ich bräuchte pro Muster einen Zähler.

Der zweite Teil des Programms soll dann das Auftreten der Paare zählen und in einem Array oder gleich in einer .csv speichern. Wer kann mir helfen?
Code (perl): (dl )

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25

@motives = ("GAAG","PO","OHO"); # kann man in so ne liste auch ausdrücke wie G[A-Z]{2}G integrieren? open (HANDLE, "< nTM.txt"); $sequence = ''; $sequence2 = ''; while(<HANDLE>) { $line = $_; chomp ($line); $line2 = $_; chomp ($line2); if ($line ne '' && $line2 ne '') { $sequence = $sequence . $line; $sequence2 = $sequence2 . $line2; # weiß nich,ob das alles benötigt wird... foreach $motive(@motives) { foreach $motive2(@motives) { if ($sequence =~ $motive && $sequence2 =~ $motive2 && $motive ne $motive2) # am besten wäre es,wenn auch Paare gleicher Muster gefunden werden, wenn sie sich auf unterschiedlihen Positionen befinden { print "$motive matcht $motive2 \n"; #hier fehlt die Angabe der Zeilen, in der die Muster gefunden werden print "\n"; #leider wird alles mehrfach gezählt... } }} } }
Last edited: 2012-04-18 12:21:33 +0200 (CEST)
- +8 replies
- GwenDragon
  
  2012-04-18 12:31
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  2005-01-17
  14782 Artikel
  Admin1
  qr ist dein Werkzeug. Es erzeugt reguläre Ausdrücke.
  
  Und mit einem Hash kannst du euch in einem Array die Zeilennummern speichern.
  
  Code zum nachvollziehen:
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36
  
  #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my @motives = ( qr(GACG), qr(G[A-Z]{2}G), qr(GAGG?A), qr(Kikeriki)i ); my %gefunden; my $zeilennr; while (my $line = <DATA>) { $zeilennr++; for my $re (@motives) { push @{$gefunden{$re}},$zeilennr if $line =~ $re; } } while (my ($k,$v) = each %gefunden) { print "$k: ", join(",",@$v),"\n"; } #ergibt: #(?-xism:GAGG?A): 1 #(?-xism:GACG): 2 #(?-xism:G[A-Z]{2}G): 1,2 #(?i-xsm:Kikeriki): 4 __DATA__ GAGGA GACG Kuh KikEriKi
  
  Last edited: 2012-04-18 12:45:19 +0200 (CEST)
  die Drachin Gwen
  
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  - Bionerd
    
    2012-04-18 13:51
    
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    2012-04-18
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    BenutzerIn
    
    Sieht gut aus...ich versteh jetzt nicht alles, hab erst seit paar Wochen die Vorlesung zu Perl, aber okay.
    Das mit qr ist einfach genial, gut zu wissen.
    <DATA>...hmm, ich möchte einen Ordner einlesen, wenn das Programm funzt...
    das ist doch am besten mit <HANDLE> zu machen,oder?
    - GwenDragon
      
      2012-04-18 13:54
      
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      2005-01-17
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      Admin1
      
      Nein, in meinem Fall liest DATA alles aus dem Skript ein was ab __DATA__ kommt.
      
      Wenn du aus einer externen Datei lesen willst, ist ein externes Dateihandle nötig (wie bei dir das benutzte HANDLE).
      die Drachin Gwen
      
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    - GwenDragon
      
      2012-04-18 13:56
      
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      2005-01-17
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      Admin1
      
      2012-04-18T11:51:27 Bionerd
      ich versteh jetzt nicht alles, hab erst seit paar Wochen die Vorlesung zu Perl, aber okay.
      Es gibt gute Perl-Bücher, auch kostenlose oder gebrauchte, und Online-Tutorials. ;)
      Schau mal:
      http://wiki.perl-community.de/
      http://learn.perl.org/
      die Drachin Gwen
      
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      - +4 replies
      - Bionerd
        
        2012-04-18 14:12
        
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        2012-04-18
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        BenutzerIn
        
        Vielen Dank für die Links...werd mich mal näher damit beschäftigen müssen. Problem ist halt bloß,dass das Programm bis morgen fertig sein sollte und der Informatiker, der mir sonst helfen würde, im Ausland verweilt.
        
        +3 replies
        
        GwenDragon
        
        2012-04-18 14:15
        
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        2005-01-17
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        Admin1
        
        2012-04-18T12:12:59 Bionerd
        Problem ist halt bloß,dass das Programm bis morgen fertig sein sollte
        Dann frage doch mal bei uns nach, ob dir jemand umsonst oder gegen Spende das Programm schreibt.
        die Drachin Gwen
        
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        +2 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-18 14:24
        
        User since
        2012-04-18
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        BenutzerIn
        
        Das wäre natürlich genial, obwohl ich gern alles selbst mache...
        
        Bionerd
        
        2012-04-18 15:15
        
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        2012-04-18
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        BenutzerIn
        
        So, mal wieder 5min Zeit zwischen den Vorlesungen.
        Da ich heute wenig Zeit habe, wäre ich demjenigen,der mir das Programm schreibt sehr dankbar. Ne kleine Entlohnung könnte ich schon spendieren, sollte aber mittels persönlicher Nachricht geklärt werden,denk ich.
        
        Dein Programm hab ich so weit verstanden, nur mal, damit ich allgemein das Einlesen besser verstehe:
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
        
        open (HANDLE, "< nTM.txt"); while(<HANDLE>) { my @motives = ( qr(G[A-Z]{2}G), qr(O[A-Z]{1}O), qr(P[A-Z]{2}G) ); my %gefunden; my $zeilennr; while (my $line = <HANDLE>) { $zeilennr++; for my $re (@motives) { push @{$gefunden{$re}},$zeilennr if $line =~ $re; } } while (my ($k,$v) = each %gefunden) { print "$k: ", join(",",@$v),"\n"; } } Jetzt wollte ich das <HANDLE> zur Probe einbauen, aber ich mach mit dem Einlesen der Zeilen wohl einen Fehler...Die Zeilennummer ist stets 1.
- +25 replies
- pq
  
  2012-04-18 12:35
  
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  2003-08-04
  12208 Artikel
  Admin1
  
  ich hab nur ein paar anmerkungen:
  ich weiss nicht, ob du wirklich in deinem text *nach* regulären ausdrucken suchen willst, oder ob du *mittels* regulären ausdrücken *nach* bestimmten strings suchen willst.
  zweitens, bitte entschuldige, aber der code sieht auch für einen java-programmierer ziemlich chaotisch aus.
  nach dem while rückst du einen level ein, nach dem if nicht, dann die 2 for-schleifen, die wieder gar nicht eingerückt sind und dann die elendig lange zeile, für die man horizontal scrollen muss und dann die schliessenden klammern am ende, die ohne erkennbares muster auf kleine häufchen verteilt werden.
  
  $sequence = $sequence . $line;
  bei mir ist java lange her. gibt es das da wirklich nicht? in perl schreibt man:
  $sequence .= $line;
  
  hier gibts ein bisschen modernen lesestoff: http://perl-tutorial.org/
  
  das eigentliche problem habe ich noch gar nicht verstanden. du möchtest einfach eine angabe, in welchen zeilen(nummern) muster vorkommen? die aktuelle zeilennummer des gerade gelesenen handles findest du in der variable $.
  Always code as if the guy who ends up maintaining your code will be a violent psychopath who knows where you live. -- Damian Conway in "Perl Best Practices"
  lesen: Wie frage ich & perlintro brian's Leitfaden für jedes Perl-Problem
  - +24 replies
  - Bionerd
    
    2012-04-18 13:14
    
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    2012-04-18
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    BenutzerIn
    
    Erstmal vielen dank an alle für die schnellen Antworten!
    
    Letztendlich möchte ich nach Strings, die mit den regulären Ausdrücken matchen,suchen, die sich in einem .txt befinden.
    Das .txt könnte z.Bsp aus den Zeilen
    GAAGBDDEELLLLIIIIIGBA
    BDDDBLLLLLLLLLLLLLLLL
    bestehen und ich möchte feststellen, ob Muster wie G[A-Z]{2} oder B[A-Z]{3} zusammen darin vorkommen, es soll also das erste Muster gesucht werden und die Zeile ausgegeben werden....Wurde es gefunden, soll geschaut werden, ob das zweite Muster vorkommt( wieder Zeilennummer benötigt).
    Die Ausgabe wäre also z. Bsp. möglichst GAAGBDDDB 1_2. (Die Form ist nötig für die Weiterverarbeitung).
    Bei mir sieht das immer chaotisch aus, wenn ich noch am rumprobieren bin, sry^^.Java wollte ich halt nicht nehmen, da es dort wahrscheinlich paar Zeilen mehr benötigt...
    Last edited: 2012-04-18 13:28:03 +0200 (CEST)
    - +23 replies
    - Bionerd
      
      2012-04-18 13:47
      
      User since
      2012-04-18
      35 Artikel
      BenutzerIn
      
      Eine kleine Ergänzung: Es handelt sich insgesamt um 50 Muster, das Endziel ist eine Matrix in der man sieht, welche Paarungen wie oft vorkommen, denn ich möchte nicht nur eine Datei einlesen sondern einen ganzen Ordner^^. Letztendlich sieht man also hoffentlich, in wie vielen Files die Paare vorkommen und wie oft.
      - +22 replies
      - topeg
        
        2012-04-18 15:51
        
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        BenutzerIn
        
        Verstehe ich es richtig das immer die gesamte Datei betrachtet werden soll und nicht nur immer eine Zeile pro Datei?
        
        Wenn dem so ist hier mal eine Analyse soweit du sie Beschrieben hast:
        more (24.5kb)
        
        EDIT: Zeile 59: Etwas Code fehlte.
        Last edited: 2012-04-19 03:14:58 +0200 (CEST)
        
        +21 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-18 16:51
        
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        2012-04-18
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        BenutzerIn
        
        Wow...klasse^^
        EDIT: Ich glaube, ich bin öfters in diesem Forum unterwegs.
        JA,es soll im ganzen File gesucht werden bzw. im ganzen Ordner, so dass man weiß, in welchen Files die Muster so vorkommen.
        
        Eine Frage noch: Ich sitze noch in der Vorlesung,habs mir noch nicht detailliert angeschaut.
        Meine aktuellen Fragen: Werden nun auch Musterpaarungen gefunden wie Muster 1 und Muster 1, wenn sie sich in unterschiedlichen Bereichen befinden? Das wäre nämlich auch wichtig.
        Zweitens: Wie könnte man es realisieren, dass das Auftreten von Musterpaarungen in einem Array etc. hochgezählt wird? Ich würde denken, man nimmt die Position der Muster im my @motives, also sagen wir i für Muster 1 und j für Muster x. Dann zählt man im Array @anzahl die entsprechende Zelle +1. Ist das realisierbar? Die spätere Übergabe an eine .csv-Datei dürfte ja unkompliziert sein...[/i]
        EDIT:Geschehen soll dies einmal für das gesamte Verzeichnis!!
        
        Dabei fällt mir ein...die Ausgabe der Paarungen+Zeile gefällt mir sehr.
        Es sollte doch möglich sein, die einzelnen Ausprägungen der Muster in einem speziellen .txt abzuspeichern,oder? Sprich, alle gefundenen Muster 1_Muster X - Paarungen in ein File, so dass man letztendlich bei 50 Mustern 2500 .txt- Files hat. Beispiel:
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3 4
        
        # ein wenig pseudocode dabei open (HANDLE, ">> regulärerAusdruck1_regulärerAusdruck2.txt"); # EDIT: print HANDLE "AusprägungMuster1+AusprägungMuster2 + found in Line %u and Line %u +Name des Files,in dem es gefunden wurde\n"; close (HANDLE);
        
        EDIT: So?
        Last edited: 2012-04-18 18:22:10 +0200 (CEST)
        
        GwenDragon
        
        2012-04-18 18:18
        
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        Admin1
        
        Wenn du was an deinem Posting änderst, was sich erheblich unterscheidet, mache es doch bitte mit dem Text EDIT: kenntlich.
        die Drachin Gwen
        
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        +19 replies
        
        topeg
        
        2012-04-19 03:01
        
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        BenutzerIn
        
        2012-04-18T14:51:32 Bionerd
        Werden nun auch Musterpaarungen gefunden wie Muster 1 und Muster 1, wenn sie sich in unterschiedlichen Bereichen befinden? Das wäre nämlich auch wichtig.
        
        ja
        
        2012-04-18T14:51:32 Bionerd
        Zweitens: Wie könnte man es realisieren, dass das Auftreten von Musterpaarungen in einem Array etc. hochgezählt wird? Ich würde denken, man nimmt die Position der Muster im my @motives, also sagen wir i für Muster 1 und j für Muster x. Dann zählt man im Array @anzahl die entsprechende Zelle +1. Ist das realisierbar? Die spätere Übergabe an eine .csv-Datei dürfte ja unkompliziert sein...
        EDIT:Geschehen soll dies einmal für das gesamte Verzeichnis!!
        
        so z.B:
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18
        
        # zeile 7: # Liste aller Kombinationen über alle Dateien my %anzahl; #... #zeile 21: # alle Gefunden Kombinationen durch gehen # dann die Suchbegriffe mit "-!-" zusammenfügen # und dazu einen Zähler erhöhen # "sort" verhindert unnötige Dubletten $anzahl{join('-!-', sort @$_[0,1] )}++ for(@found); #... # zeile 25: # Zusammenfassung: printf ("%s + %s %u\n",split(/-!-/,$_),$all_match{$_}) for(sort keys(%anzahl));
        
        2012-04-18T14:51:32 Bionerd
        Dabei fällt mir ein...die Ausgabe der Paarungen+Zeile gefällt mir sehr.
        Es sollte doch möglich sein, die einzelnen Ausprägungen der Muster in einem speziellen .txt abzuspeichern,oder? Sprich, alle gefundenen Muster 1_Muster X - Paarungen in ein File, so dass man letztendlich bei 50 Mustern 2500 .txt- Files hat.
        
        Ja es ist nicht schwer in Dateien auszugeben:
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19
        
        # zeile 7: # Ausgabepfad # sollte ein gesondertes Verzeichnis ein. my $out_dir='path/to/dir'; # Ersatz für Zeile 22: # alle Funde durchgehen, # passende Datei öffen # und Zeile hinzufügen. for my $e (@found) { my ($motive1,$motive2)= sort @$e[0,1]; my $outpath="$out_dir/$motive1_$motive2.txt"; if(open(my $fh, '>>', $outpath)) { printf $fh ("%s + %s found in Line %u and Line %u + %s\n", @$e,$file); } else { warn("Error open $outpath ($!)"); } }
        
        Wie das finden funktioniert:
        
        Gehe alle regulären Ausdrücke durch und vermerke die Zeilen in dem sie gefunden wurden.
        Gehe jede Kombination von zwei Regulären Ausdrücken durch und Erzeuge alle Kombinationen der Zeilen, wobei doppelte Einträge vermieden werden sollen. Hier gäbe es wohl noch Verbesserungsbedarf, da nur die Zeilennummern geprüft werden. Es müsst genauer geprüft werden, ob es eine Dublette oder ein neuer Fund ist.
        Es wird ein Eintrag in einer Liste mit den beiden Ausdrücken und den Zeilen erstellt.
        
        Wenn eine Liste der Treffer eines Ausdruckes mit sich selbst verglichen wird, muss das gesondert behandelt werden.
        Hier die alternative für den Code von Zeile 72-83. Das ist der Teil wo die Funde von Ausdrücken kombiniert werten.
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21
        
        if($motive1 eq $motive2) { my @list=@{$match{$motive1}}; for my $pos1 (0 .. $#list-1) { for my $pos2 ($pos1+1 .. $#list) { push(@found,[$motive1,$motive1,$list[$pos1],$list[$pos2]]); } } } else { for my $line1 (@{$match{$motive1}) { for my $line2 (@{$match{$motive2}}) { push(@found,[$motive1,$motive2,$line1,$line2]); } } }
        
        Die Codeausschnitte habe ich nicht getestet und können Fehler enthalten.
        
        Nebenbei. Auch wenn die Perl1 Form des open noch unterstützt wird, sollte man sich angewöhnen die moderne Form zu nutzen. Sie ist sicherer und hat auch andere Vorzüge. Sie dazu: WasIsteinLexikalischerFileHandle
        
        +18 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 07:53
        
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        2012-04-18
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        Das Programm ist wirklich super und ich hoffe,dass ich es im Verlauf des Tages abschließen kann. Ein grundsätzliches Missverständnis, wofür ich mich entschuldige, ich hätte mich klarer ausdrücken sollen...Das Programm sucht nach G[A-Z]{2}G, das ist gewollt, jedoch hätte ich für die Ausgabe liebend gern die Ausprägung also den darauf passenden String im File z. Bsp. GAAG *lieb guck*....UND: Kann man auch schauen, ob zwei Muster auf der selben Zeile vorkommen???
        
        20: my %all_match;
        Habe ich schon ergänzt,da package gefordert wurde.
        28: my $outpath="$out_dir/$motive1$motive2.txt"; #meckert sonst
        Ansonsten hakt nur noch das Hochzählen....
        Use of uninitialized value in printf at Prog.pl line 35 ist die "Fehler"meldung.
        
        die alternative für den Code von Zeile 72-83 konnte ich nicht einfügen, es kamen Fehlermeldungen über Fehlermeldungen.
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
        
        if($motive1 eq $motive2) { my @list=@{$match{$motive1}}; for my $pos1 (0 .. $#list-1) { for my $pos2 ($pos1+1 .. $#list) { push(@found,[$motive1,$motive1,$list[$pos1],$list[$pos2]]); } } } else { for my $line1 (@{$match{$motive1}) { for my $line2 (@{$match{$motive2}}) { push(@found,[$motive1,$motive2,$line1,$line2]); } }
        
        +4 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 07:53
        
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        2012-04-18
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        Hier mein aktuelles Programm, welches Paare findet, die sich in unterschiedlichen Zeilen befinden, diese schön in Files schreibt zur späteren Verarbeitung.
        
        more (29.3kb)
        
        modedit Editiert von pq: more-tags hinzugefügt
        Last edited: 2012-04-19 09:50:37 +0200 (CEST)
        
        +3 replies
        
        topeg
        
        2012-04-19 11:36
        
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        2006-07-10
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        Wenn ich mir Ansehe, wie du meine Ergänzungen eingesetzt hast, so wundere ich mich doch etwas darüber. Du schiebst doch, das du schon eine Programmiersprache beherrschst.
        
        Hier der Code der macht was du willst:
        more (31.8kb)
        
        EDIT: Hatte den Wunsch nach dem Fund überlesen. Ist ergänzt.
        Last edited: 2012-04-19 11:41:30 +0200 (CEST)
        
        +2 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 11:47
        
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        Nun, beherrschen würde ich nicht sagen. Wir haben Java im Studium genutzt, aber ich studiere keine reine Informatik...Wir sind eher "Bindeglieder zwischen Informatikern und Biologen", sprich wir verstehen das meiste aber richtig programmieren hat unser Jahrgang nicht gelernt wie man an mir merkt.
        
        topeg
        
        2012-04-19 12:16
        
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        Ich dachte mir schon das du aus dem Bereich der Bioinformatik kommst. Die Aufgabe sieht nach einer Suche von Genabschnitten in verschiedenen Gensequenzen.
        Deine Aufgabe nur als Vermittler zu betrachten ist nicht sonderlich sinnvoll, denke ich. Du musst Programme lesen und Funktionsprinzipien entwerfen können. Dazu gehört es auch, den Code von anderen zu verstehen und ergänzen zu können. Nicht immer sitzt ein Informatiker neben dir um die Arbeit zu machen. Ohne eine gewisse Freude an der Informatik wird dir dein gewähltes Studium nicht gefallen.
        
        Nicht alle Programmierer können erraten was du willst, und du musst es ihnen nicht nur vermitteln, sondern auch sagen können was sie wo verändern müssen, wenn du dir den Code anschaust. Du wirst feststellen, das Programmierer genau das machen was du ihnen sagst und nicht so sehr das was du von ihnen willst. :-)
        
        Es ist immer hilfreich auf Augenhöhe Diskutieren zu können. Ich merke es schnell, wenn jemand nicht Programmieren kann und kein Verständnis für Programmabläufe hat. Mich stört es nicht wenn eine Person nicht alle Fachbegriffe kennen, aber mich stört es wenn sie ihre Anforderungen nicht klar formulieren kann. Biologen haben sicherlich ähnliche Anforderungen.
        
        Als Übung würde ich dir vorschlagen den Programmablauf dieses Scripts in Stichworten oder kurzen klaren Sätzen zu Formulieren. Wenn du willst kannst du auch einen Ablaufplan oder ähnliches machen. Auch wenn es Langwierig und Langweilig ist, so hilft es sich an das strukturierte Denken zu gewöhnen und das Script zu verstehen.
        
        Z.B die Analyse der gefundenen Genabschnitte ist etwas das in deinen Bereich fällt. Du kennst die Anforderungen der Biologen und solltest wissen wie man das Programmiertechnisch umsetzen könnte. Das ist die Stelle wo dein Fachwissen gefragt ist.
        
        +13 replies
        
        topeg
        
        2012-04-19 11:48
        
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        2012-04-19T05:53:06 Bionerd
        Das Programm ist wirklich super und ich hoffe,dass ich es im Verlauf des Tages abschließen kann. Ein grundsätzliches Missverständnis, wofür ich mich entschuldige, ich hätte mich klarer ausdrücken sollen...Das Programm sucht nach G[A-Z]{2}G, das ist gewollt, jedoch hätte ich für die Ausgabe liebend gern die Ausprägung also den darauf passenden String im File z. Bsp. GAAG *lieb guck*....UND: Kann man auch schauen, ob zwei Muster auf der selben Zeile vorkommen???
        
        Schau dir den Code von mir weiter oben an
        
        2012-04-19T05:53:06 Bionerd
        20: my %all_match;
        Habe ich schon ergänzt,da package gefordert wurde.
        28: my $outpath="$out_dir/$motive1$motive2.txt"; #meckert sonst
        Ansonsten hakt nur noch das Hochzählen....
        Use of uninitialized value in printf at Prog.pl line 35 ist die "Fehler"meldung.
        
        Ich schrieb das die Ergänzungen Fehler enthalten können. Hier war die Umbenennung einer Variable nicht vollständig. Dein versuche das Zu reparieren haben es nicht besser gemacht. Dadurch tauchte plötzlich eine Variable ohne Inhalt auf.
        
        2012-04-19T05:53:06 Bionerd
        die alternative für den Code von Zeile 72-83 konnte ich nicht einfügen, es kamen Fehlermeldungen über Fehlermeldungen.
        
        ja ein Tippfehler an einer stelle Feht ein } schau mal ob du es findest :-)
        
        +12 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 11:58
        
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        2012-04-18
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        Kannst Du nich mein ständiger Lehrer werden?^^
        
        Super Erklärung und Fehleranalyse! Das mit der Klammer habe ich bemerkt,wurde ja angezeigt...war wohl zum Speichern zu blöd heut früh...bin eh kein Morgenmensch.
        
        EDIT: Als Ergebnis bekomme ich nun z.Bsp. die Paarung OHO u PO, aber warum nicht PO u OHO?
        Last edited: 2012-04-19 12:06:05 +0200 (CEST)
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 12:20
        
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        2012-04-18
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        BenutzerIn
        
        Nur, um alles nachvollziehen zu können.
        EDIT: Okay, habs endlich mal geschnallt.
        Last edited: 2012-04-19 12:24:52 +0200 (CEST)
        
        +10 replies
        
        topeg
        
        2012-04-19 12:27
        
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        2006-07-10
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        BenutzerIn
        
        Beide Kombinationen sind von der Logik her gleichwertig, da du nur gefordert hast das eine Kombination gefunden werden soll. Für die Dateinamen und die Zusammenfassung sortiere ich die Ergebnisse alphanumerisch. Such mal nach sort im Code. Die Reihenfolge der Funde ist in der Form in der ich es Programmiert habe nur begrenzt Fest zu stellen. Bedenke das du keine klaren Anforderungen diesbezüglich gestellt hast. :-)
        
        +9 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 12:50
        
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        2012-04-18
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        BenutzerIn
        
        Brauch ich ja auch nicht....ob OHOPO oder POOHO...sind ja die gleichen Informationen enthalten und das mit sort ist auch optimal, damit man Ordnung hat.
        
        Schön,da muss ich nur noch die Anzahl der Treffer in eine .csv bekommen.
        Quasi, damit ich dann als Ausgabe habe:
        M1 M2 M3
        M1 1 2 3
        M2 3 0 5
        M3 1 2 2
        
        Werd mal schauen,wie das zu realisieren ist...
        EDIT:
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2 3
        
        open (HANDLE, "> ausgabe.csv"); print HANDLE ($anzahl{$_}) for (sort keys(%anzahl)) ; close (HANDLE);
        
        FInde das mit open(HANDLE) ganz gut, zudem lernen wir es ja -leider- so...
        Nun habe ich natürlich alles in einer Zelle,bräuchte also ein Leerzeichen im Code zwischen den Zahlen,denke ich,damit immer ne neue Zelle in der .csv Datei beschrieben wird. Die Zuordnung wäre auch per Hand möglich, da nicht mit so viel Paarungen zu rechnen ist...hoffe ich^^.
        Last edited: 2012-04-19 13:18:38 +0200 (CEST)
        
        +8 replies
        
        topeg
        
        2012-04-19 13:49
        
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        Also hier noch eine Ausgabe als Matrix:
        more (11.8kb)
        
        Zuerst gehe ich alle Gefundenen Werte durch und setze ihre Stelle in der Ausgabematrix.
        danach erstelle ich die Matrix. Da ist %positions nützlich. Es enthält die Positionen der Werte in der Spalte/Zeile (Quadratische Matrix).
        Bei der Ausgabe ist die Erste Zeile und Erste Spalte die gefunden Werte.
        Manche Kombinationen existieren nicht und werden auf 0 gesetzt, ansonsten käme es zu einer "undef" Warnung.
        
        +7 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 14:00
        
        User since
        2012-04-18
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        BenutzerIn
        
        Mensch, womit habe ich das verdient? Vielen Dank, damit dürfte das Programm perfekt werden.
        
        EDIT: Dein Programm arbeitet sogar schon zu "detailliert", was mir die ganze Zeit über gar nicht aufgefallen ist...
        
        Code (perl): (dl )
        
        1 2
        
        GGLFGALGPOAAGDGDreiOHO GOPOGGADGDPO
        
        Dies sei unser Eingabe-File...Das Problem, welches ich schon anfangs genauer hätte erläutern sollen besteht darin, dass ich mit z.Bsp G[A-Z]{2}G suche...So, es sollen alle Ausprägungen gefunden werden,richtig...aber die zu schreibenden Files und die Matrix sollten diese möglichst zusammenfassen. Also wenn GAAGHOH und GALGHOH gefunden werden, sollte am besten 1 File für G[A-Z]{2}GHOH geschrieben werden, nicht zwei für die einzelnen Ausprägungen. Das gleiche für die Matrix...
        Ich bin jetzt 3h weg, danach werde ich mich nochmal dransetzen, es hat noch Zeit, also musst Du nicht unbedingt einen vollständigen Code präsentieren, bischen kann ich ja auch versuchen, zu schaffen. Man könnte ja auch einfach alles zsammkopiern...
        Last edited: 2012-04-19 14:28:30 +0200 (CEST)
        
        +6 replies
        
        topeg
        
        2012-04-19 16:01
        
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        2006-07-10
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        BenutzerIn
        
        Also wie es zuerst war. Entscheide dich mal.
        
        more (46.2kb)
        
        +5 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 17:49
        
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        2012-04-18
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        Genau so möchte es der Aufgabensteller -ich bin mir jetzt sicher- haben.
        EDIT: Vielen Dank, damit hat sich die Sache erledigt.
        Last edited: 2012-04-19 17:55:11 +0200 (CEST)
        
        +4 replies
        
        topeg
        
        2012-04-19 17:55
        
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        BenutzerIn
        
        Die einzige Beschränkung ist der Arbeitsspeicher.
        
        +3 replies
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 17:57
        
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        2012-04-18
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        BenutzerIn
        
        Bei Java werden glaub meist 60mb oder so verwendet...und bei Perl?
        
        +2 replies
        
        topeg
        
        2012-04-19 18:04
        
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        2006-07-10
        2611 Artikel
        BenutzerIn
        
        Der Interpreter braucht für sich selbst paar 100Kb. Die Datenstrukturen Verbrauchen den Bärenanteil. Das hängt von vielen Faktoren ab. Ein Programm von mir das 40.000 URLs mit zusätzlichen Daten Analysierte, benutzte 1,5Gb. Aber das ist eher eine Ausnahme. Die Größe des Speicherverbrauches wird sich primär nach den zu öffnenden Dateien richten.
        
        Bionerd
        
        2012-04-19 18:11
        
        User since
        2012-04-18
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        Ja, kenn ich von Java, wenn man ein paar 1000 Sequenzen einliest und bearbeitet. Na, hab ja genug Speicher...
- Daxim
  
  2012-04-18 12:39
  
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  2007-08-01
  114 Artikel
  BenutzerIn
  
  Es wäre hilfreich, wenn du deine Datei auszugsweise zur Verfügung stellst, damit man das Problem nachstellen kann.

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