ich hab nur ein paar anmerkungen:
ich weiss nicht, ob du wirklich in deinem text *nach* regulären ausdrucken suchen willst, oder ob du *mittels* regulären ausdrücken *nach* bestimmten strings suchen willst.
zweitens, bitte entschuldige, aber der code sieht auch für einen java-programmierer ziemlich chaotisch aus.
nach dem while rückst du einen level ein, nach dem if nicht, dann die 2 for-schleifen, die wieder gar nicht eingerückt sind und dann die elendig lange zeile, für die man horizontal scrollen muss und dann die schliessenden klammern am ende, die ohne erkennbares muster auf kleine häufchen verteilt werden.

$sequence = $sequence . $line;
bei mir ist java lange her. gibt es das da wirklich nicht? in perl schreibt man:
$sequence .= $line;

hier gibts ein bisschen modernen lesestoff: http://perl-tutorial.org/

das eigentliche problem habe ich noch gar nicht verstanden. du möchtest einfach eine angabe, in welchen zeilen(nummern) muster vorkommen? die aktuelle zeilennummer des gerade gelesenen handles findest du in der variable $.