Input bearbeiten fasta seq. (Allgemeines zu Perl)

[thread]15324[/thread]

Input bearbeiten fasta seq.

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+3 replies
Gast Jassi

2010-07-29 12:42
Hi ich wollt frag ob es möglich ist beim einlesen einer fasta Seq. die ID (>BS152673_DP [Ber.]) zu ignorieren und nur mit der Seq weiter zuarbeiten.

Bsp:
>BS152673_DP [Ber.]ACACTACTTTATAAATTTAAATTTGAGCCCAAGCT
Code: (dl )

$seq =~ s/[\s\d>]+//g;
??
- +2 replies
- renee
  
  2010-07-29 12:48
  User since
  2003-08-04
  14371 Artikel
  ModeratorIn
  Du könntest entweder eines der vielen CPAN-Module benutzen (z.B. eines aus BioPerl oder Bio::FASTASequence) - die können aber meiste mehr - oder Du nimmst einen Regulären Ausdruck.
  
  Üblicherweise sind die Daten im FASTA-Format nicht in einer Zeile, sondern
  
  Code: (dl )
  
  1 2 3 4
  
  >Bezeichner SEQUENCE SEQUENCE ...
  
  Dann könntest Du das so machen:
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7
  
  my $fasta = ">sp|P01815|HV2B_HUMAN Ig heavy chain V-II region COR - Homo sapiens (Human). QVTLRESGPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSSTGMCVGWIRQPPGKGLEWLARIDWDDDKY YNTSLETRLTISKDTSRNQVVLTMDPVDTATYYCARITVIPAPAGYMDVWGRGTPVTVSS "; my @parts = split /\n/, $fasta; my $sequence = join '', @parts[ 1 .. $#parts ];
  
  Edit: Mit Bio::FASTASequence würde es so aussehen:
  
  Code (perl): (dl )
  
  1 2 3 4 5 6 7 8 9
  
  use Bio::FASTASequence; my $fasta = ">sp|P01815|HV2B_HUMAN Ig heavy chain V-II region COR - Homo sapiens (Human). QVTLRESGPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSSTGMCVGWIRQPPGKGLEWLARIDWDDDKY YNTSLETRLTISKDTSRNQVVLTMDPVDTATYYCARITVIPAPAGYMDVWGRGTPVTVSS "; my $object = Bio:FASTASequence->new( $fasta ); my $sequence = $object->getSequence;
  
  Last edited: 2010-07-29 12:50:00 +0200 (CEST)
  OTRS-Erweiterungen (http://feature-addons.de/)
  Frankfurt Perlmongers (http://frankfurt.pm/)
  --
  
  Unterlagen OTRS-Workshop 2012: http://otrs.perl-services.de/workshop.html
  Perl-Entwicklung: http://perl-services.de/
  - Gast Jassi
    
    2010-07-29 13:01
    
    danke für schnelle und informative antwort
    Last edited: 2010-07-29 13:03:41 +0200 (CEST)

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