Input bearbeiten fasta seq. - #140137 (Allgemeines zu Perl)

renee

2010-07-29 12:48

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Du könntest entweder eines der vielen CPAN-Module benutzen (z.B. eines aus CPAN:

BioPerl oder CPAN:

Bio::FASTASequence) - die können aber meiste mehr - oder Du nimmst einen Regulären Ausdruck.

Üblicherweise sind die Daten im FASTA-Format nicht in einer Zeile, sondern

Code: (dl )

>Bezeichner
SEQUENCE
SEQUENCE
...

Dann könntest Du das so machen:

Code (perl): (dl )

my $fasta = ">sp|P01815|HV2B_HUMAN Ig heavy chain V-II region COR - Homo sapiens (Human).
QVTLRESGPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSSTGMCVGWIRQPPGKGLEWLARIDWDDDKY
YNTSLETRLTISKDTSRNQVVLTMDPVDTATYYCARITVIPAPAGYMDVWGRGTPVTVSS
";

my @parts = split /\n/, $fasta;
my $sequence = join '', @parts[ 1 .. $#parts ];

Edit: Mit

Bio::FASTASequence würde es so aussehen:

Code (perl): (dl )

use Bio::FASTASequence;

my $fasta = ">sp|P01815|HV2B_HUMAN Ig heavy chain V-II region COR - Homo sapiens (Human).
QVTLRESGPALVKPTQTLTLTCTFSGFSLSSTGMCVGWIRQPPGKGLEWLARIDWDDDKY
YNTSLETRLTISKDTSRNQVVLTMDPVDTATYYCARITVIPAPAGYMDVWGRGTPVTVSS
";

my $object = Bio:FASTASequence->new( $fasta );
my $sequence = $object->getSequence;

Last edited: 2010-07-29 12:50:00 +0200 (CEST)

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