Wenn Du rsync hast, kannst Du das Modul File::Rsync nehmen: http://search.cpan.org/~leakin/File-Rsync-0.33/Rsync.pm

Ansonsten, könntest Du so vorgehen:
Für beide Verzeichnisse:
Erstelle für alle Dateien eine Prüfsumme
Schreibe in ein Hash Schlüssel: Dateiname Wert: Prüfsumme

Vergleiche beide Hashs
Kopiere die gewünschte Datei (Kriterien musst Du Dir selbst überlegen - z.B. neueres Datum oder so...) in das richtige Verzeichnis...