In der Bioinformatik wird Perl sehr gerne eingesetzt. Ich arbeite an einer Pipeline zur Vorhersage von wichtigen Genom-Teilen. Fast alles ist dabei in Perl realisiert.

Du kannst Dir ja auch mal ein paar Artikel in unserem Wiki anschauen:
Warum Perl?
in Perl realisierte "Standalone"-Applikationen
Webanwendungen in Perl geschrieben

Auf dem deutschen Perl-Workshop hatten wir auch mal einen Vortrag von IBM, die ihre Mainframes mit Perl testen.