Das müsste mit einem non-greedy Match gehen, also einem ? hinter dem Quuantifier: qr/__(.+?)__/.

In der Praxis würde ich den Punkt als Wildcard durch \w oder \S ersetzen, je nach dem was da zwischen den doppelten Unterstrichen vorkommen darf, also z.B. qr/__(\w+?)__/. Je restriktiver, desto besser - vorausgesetzt, Dein Input hält sich an die Restriktionen.