In deinem Fall alles relativ simpel.
Da du ein Linux verwendest ist Perl bereits installiert. Lediglich speziell gewünschte Module musst du halt noch installieren, was bei Ubuntu bei vielen auch über den Paketmanager geht.

2012-09-09T19:48:55 ?

-Wo lege ich Perlscripte ab?

Wo du willst.
Die Script Dateien kannst du einfach mittelst "perl Datei.pl" ausführen, oder du schreibt in die Datei als erste Zeile
wobei der Pfad nach #! auf dein Perl weist und du der Datei ausführende Rechte geben musst.

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-Wie starte ich sie dann ohne Browser?

Siehe oben.

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-Wohin mit der Ausgabe? Ich hab ja kein Browserfenster mehr!
-Werde ich das Terminal nutzen müssen?

Am Anfang ist es einfacher die Ausgaben aufs Terminal zu geben. AUf CPAN findest du aber auch einige Module die dich beim Programmieren von grafischen Oberflächen unterstützen.
Du kannst dir natürlich auch wieder einen Apache installieren und mittels HTML deine Oberflächen gestalten. - Richtig eingestellt sollte sich deine Erfahrungen nicht wiederholen. Anlaufpunkt für den Apache wäre zB. die Wiki von ubuntuusers.de.

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-Kann ich ein eigenes Fenster haben, wie "richtige" Programme?

Wie oben bereits geschrieben - ja.
Module wie tkperl oder wxperl aber auch Anbindungen an gtk findest du auf CPAN.