Hm ich will mich nicht festlegen, aber es könnte auch sein das dein IDE Controller die große Festplatte nicht richtig verwalten kann, in dem Fall wäre eine moderne IDE Controller Karte sinnvoll oder es kann sein das dein Mainboard auch ein Bios Update braucht.

Ansonsten wäre das Stichwort 48bit LBA Unterstützung. ;)
Bei Windows 2000 muß mind. Service Pack 3 drauf sein und eventuell in der Registriy die Nutzung des 48-bit- Addessraums aktiviert werden.
Tools zum Einrichten deiner Platte:
ftp://ftp.heise.de/pub/ct/ctsi/h2format.zip
http://www.gnu.org/software/parted/