2012-06-20T21:29:30 ?

Desshalb habe ich mit dem Gedanken gespielt, für jedes ankommende Formular (das ja aus all diesen Daten besteht) eine eigene Datei zu erstellen.

Ohne in irgendwelchen Code zu schauen: Die meisten Filesysteme werden bei vielen Dateien langsam - sie können damit um, aber die performance geht in den Keller. Bei Hochleistungs-Dateisystemen wie ZFS oder BTRFS bin ich auch schon beim Indexing auf Problemen gestoßen (alle Dateien heißen gleich, z.b. Foo-<Timestamp>-<num>.file. Die Problemstellung für dich ist also "wie viel Dateien erwartest du maximal" und "welches FS liegt drunter".

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Wie würdet Ihr so einen Input am besten ablegen?

Datenbank, da meist eh vorhanden. SQL Skills sind außerdem ein must-have, also eine sinnvolle Möglichkeit sich im Rahmen eines Projektes weiterzubilden. Ob es SQLite oder MySQL oder Oracle oder... ist, ist dabei unerheblich. Zudem bleibt man flexibel - wachsen die Anforderungen an das Projekt, kann man das Problem mit Geld bewerfen (standalone Datenbankserver) bis es verschwindet.