Wenn ich das richtig sehe liegt das Problem beim Starten des Programms.

• Perl wird gestartet.
• Das Terminal-Fenster geht auf.
• Es wird getestet, ob alle Dateien vorhanden sind und den richtigen Inhalt haben, andernfalls wird das Archiv entpackt.
• Der Code wird Compiliert und gestartet.
• Das Fenster wird geschlossen.

Möglicherweise kannst du das Fenster eher schließen, wenn den Code zum Schließen des Fensters in ein "BEGIN {...}"-Block packst. Schau mal wie du den benötigten Code möglichst früh ausführen kannst. Ich habe auch in Erinnerung, dass man "startup"-Code einsetzten kann, der direkt nach dem Interpreter Start ausgeführt wird.
Die Startzeit kannst du etwas reduzieren, wenn du "vorkompilieren Code" einsetzt. (B::Bytecode) (das ist dann aber eng an die Perl-Version gekoppelt)