Die Anwendung der flock()-Funktion ist syntaktisch richtig. Zum Testen setze ein sleep 60; in das Script und starte es ein Zweitesmal, der zweite Prozess wartet automatisch, bis der Erste beendet ist.

Empfehlenswert ist es, Dateizugriffe in eine extra Klasse auszulagern (Objekt mit Filehandle ...) damit erhältst Du eine bessere Kontrolle und behältst die Übersicht über den Code.