Unter *nix ist die Dateinamenserweiterung eines Programmes unerheblich und perl2exe kann ausführbare Programme für *nix und Windows erzeugen. Bei der Standardkonfiguration eines Webservers ist es sowohl unter *nix als auch unter Windows üblich, die Ausführung von CGI-Programmen zu erlauben. Folglich kann man unabhängig von Betriebssystem und Webserver erstmal davon ausgehen, dass die Ausführung eines mit perl2exe generierten Programmes als CGI möglich sein sollte.