Noch ein Nachteil, den man zumindest kennen sollte:
* qx() puffert die Ausgaben im Speicher. Bei hinreichend gesprächigen Befehlen kann das zum Problem werden.
Außerdem kann man bei qx() nicht Teile der Ausgabe lesen und darauf reagieren.

Insbesondere für letzteren Teil kann z.B. auch ein 'open my $fh, "befehl|"' nützlich sein.