Sollte kein Problem sein. Einfach einen Prefix mit -Dprefix bei Konfigurieren angeben. Dadurch wird das perl und alle per cpan installierten Module unter dem angegebenen Verzeichnis installiert. Am besten du machst die Installation als normaler User bzw. ohne sudo in ein extra dafür eingerichtetes Verzeichnis, dann kann die der Installationsprozess nicht dein System kaputt machen, solltest du bei der Konfiguration einen Fehler gemacht haben.