Ich war bisher nicht in der Verlegenheit, so etwas zu machen, aber ich wuerde schlicht und ergreifend ein Versionskontrollsystem nehmen und da die releases reinschmeissen. Git z.B. bietet eine sehr gute Delta-Kompression, damit sind die updates, die man sich herunterladen muss, recht klein.

Der updater kann einfach 'git pull' ausfuehren, und git kuemmert sich um das dowloaden und das automatische Anwenden der Patches. Und kryptographische Checksummen hast du auch gleich mitgeliefert...