Wenn das Perl-Skript auf der Windows2000-Maschine laufen soll bzw. das 1. Skript dort ein anderen ausführen soll, dann hilft dir SMB/CIFS gar nix.
Da müsstest du dich auf der Windows2000-Maschine einloggen können. Das kann man z.B. mittels cygwin und dem darin enthaltenen SSH-Server erledigen.

Wenns nur drum geht, ein Skript zu lesen, das auf Windows2000 liegt, dann musst du auf der UNIX-Maschine einfach die entsprechende Freigabe per Samba mounten...