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ich würde mich freuen, wenn mir jemand sagen könnte ob es eine chance gibt, den perl source code so zu schützen, dass der kunde ihn nicht manipulieren kann...oder im schlimmsten fall das produkt unter anderem namen weitervertreibt.

Wenn du keine OSS Lizenz nimmst dann darf er das nicht. Tut er es doch kannst du ihn verklagen. Das ist der einzige Schutz. Ob der Sourcecode nun letztendlich mitgelifert wird, oder nicht spielt wenig eine Rolle. Die Uhrheberrechte liegen trotzdem bei dir.

Und das etwas nicht manipuliert wird kannst du auch nicht mit einer Binary sicherstellen die du aus C++ code erzeugt hast.

Ich würde deswegen keine Zeit in sowas investieren... Mach/Nimm ene Lizenz und fertig. Das ist sowieso der einzige Schutz in diesem Sinne.