Du kannst den Perl-Code nicht zuverlässig schützen. Das gleiche gilt übrigens für Java (hast du dir mal einen disassemblierten Bytecode angeschaut? IMHO ist der noch ziemlich gut lesbar).

Letztendlich ist Quellcode-Klau vor allem ein rechtliches Problem. Du kannst nur sinnvoll mit jemandem Geschäfte machen, gegen den du deine Ansprüche durchsetzen kannst - das ist mit Urheberrechten nicht anders als mit finanziellen Forderungen.