Im Gegenteil: Das was du in der httpd.conf eingibst, siehst du hinterher auch in Yast, weil Yast ja im prinzip auch nur die Datei ausliest.
Bei mir ist es auch so gewesen, dass Yast2 meinen per Hand eingetragen vHost formatiert hat, nachdem ich irgendwann später mal etwas über Yast2 geändert hatte.
Sah zwar nicht so schön aus, war dann aber wieder einheitlich. Muss dazu aber sagen, dass ich ein Fan von Tabspaces bin, hingegen Yast2 nur 2 Leerzeichen verwendet.