Naja, wenn Perl nur den Wert der Umgebungsvariable bestimmen soll, dann sollte es eigentlich möglich sein, die Ausgabe des Skriptes als Wert für die Umgebungsvariable zu benutzen, wie man es z.B. in der Bash unter Linux machen kann:
#!/bin/bash
VAR=`dein_perl_script.pl`
Wie man das nun unter Windows macht, da bin ich leider überfragt, funktionieren sollte es jedoch irgendwie.