at ist aber nur für einmalige Aufrufe gedacht. Wenn man es wirklich periodisch braucht, dann ist cron das richtige.
Der Eintrag in die Crontab müsste dann in etwa so aussehen:
0/5 * * * * /hier/der/pfad/zu/deinem/programm
Damit wird der Job zur vollen Stunde und dann alle 5 Minuten gestartet.
Falls dein Programm mit Umgebungsvariablen arbeitet, solltest du bedenken, dass innerhalb der Cron-Umgebung nur bestimmte Variablen gesetzt sind.