my @file = (
    'mein text ist so lang:   Error 123 hier geht der text weiter',
    'mein text ist so lang:   Error 99 hier geht der text weiter',
);

my @fehler;
for (@file) {
    s/(Error \d+)//g;
    push @fehler, $1;
}

print "$_\n" for @file;
print "$_\n" for @fehler;

mein text ist so lang:    hier geht der text weiter
mein text ist so lang:    hier geht der text weiter
Error 123
Error 99

use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;

my @vfile = (
   'mein text ist so lang:   Error 123 hier geht der text weiter',
   'mein text ist so lang:   Error 99 hier geht der text weiter'
);

my @errs;

while (defined (my $line = shift @vfile)) {
   push @errs, $line =~ /(Error \d+)/;
   # fuer mehrere Fehlermeldungen in einer Zeile
   # push @errs, $_ for $line =~ /(Error \d+)/g;
}

print Dumper(\@errs);

[...]

while (defined (my $line = shift @vfile)) {
   push @errs, $line =~ /(Error \d+)/;
   # fuer mehrere Fehlermeldungen in einer Zeile
   # push @errs, $_ for $line =~ /(Error \d+)/g;
}

[...]

push @errs, $line =~ /(Error \d+)/g;