C:\Dokumente und Einstellungen\Renee>perl -MCwd -e "print Cwd::realpath('.')"
C:/Dokumente und Einstellungen/Renee

C:\Dokumente und Einstellungen\Renee>perl -MFindBin -e "print $FindBin::RealBin"

C:/Dokumente und Einstellungen/Renee

@ordner =
qw(Ordnername1 0
    Ordnername2 0
    Ordnername3 1
    Ordnername4 1
    Ordnername5 0
    ...)

$s_dir = "C:/";
$a_dir = "Eigene Dateien";

# gesucht:
$a_dir = vollstaendiger_pfad_zum_ordner("$s_dir","*","$a_dir");

  use File::Find::Rule;
  # find all the subdirectories of a given directory
  my ($subdir) = File::Find::Rule->directory->in( $s_dir )->name("$a_dir\$");

 my $rule = File::Find::Rule->file->name("Eigene Dateien\$")->start( $s_dir );
 while ( my $dir = $rule->match ) {
     ...
 }

sub _dirs {
   # Startverzeichnis wird geholt,
   # und dann ist es nutzlos,
   # weil ich leider den Fehler nicht finde
   # weshalb er immer nur das Startverzeichnis
   # durchgeht.

   my $adir = shift;
   my $ad = $adir;
   my $r = 1;
   my $pos = 0;
   my @dirs;

   $adir = "..";

   DL:
   opendir(DIR,"$ad") or goto R;
     my @dl = grep { $_ !~ /\./ } readdir DIR;
   close DIR;

   if ($#dl < 0) {
     goto R;
   }

   my $dl = join ";.ZAHL.;",@dl;
   $dl .= ";.ZAHL.;";
   $dl =~ s/\.ZAHL\./$r/g;

   @dl = split ";",$dl;
   splice(@dirs,$pos,0,@dl);

   $r++;

   foreach (@dl) {
     chdir("$adir\/$_") or goto R;

     my $aad = "$ad\/$_";

     opendir(DIR,"$aad");
       my @adl = grep { $_ !~ /\./ } readdir DIR;
     closedir DIR;

     if ($#adl >= 0) {
    my $adl = join ";.ZAHL.;",@adl;
    $adl .= ";.ZAHL.;";
    $adl =~ s/\.ZAHL\./$r/g;

    @adl = split ";",$adl;
    splice(@dirs,$pos,0,@adl);

    $pos += $#adl;
     }
   }

   # Sehr unschön, aber was anderes
   # ist mir nicht eingefallen.
   # das ganze mit den hässlichen Labels...

   goto DL;

   R:
   chdir($adir);
   return @dirs;
}

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@array =
qw(C:/Programme 0
    C:/Programme/Perl 1
    C:/Programme/MeineTools 1
    C:/Programme/MeineTools/PDFTools 2);