my $directory = '/path/to/directory';
my @subdirs;
opendir(DIR,$directory) or die $!;
while(my $file = readdir(DIR)){
  my $path = $directory.'/'.$file;
  push(@subdirs,$path) if(-d $path && $file != /\.alt$/);
}
closedir DIR;

push @dirs, $dir unless $dir =~ /\.alt$/;

my @auswahl;
for my $dir (@subdirs) {
  push @auswahl, $dir if $dir =~ m/^hallo_00\d$/;
  # oder auch
  push @auswahl, $dir unless $dir =~ m/\.alt$/;
}
# oder auch
my @auswahl = @dirs[0..2]; # du sagtest, die ersten 3