OK, kein Grund zur Sorge, es war das, was ich befuerchtet hatte. An einer Stelle im Programm stand:
s/[^a-zA-Z0-9.\-\#]/\!/g;
was allerdings eigentlich nicht auf $_ losgehen sollte sondern auf etwas anderes. Und je nach dem, worauf gerade $_ zeigte, passierte halt etwas anderes.