Was muss ich eigentlich ändern (nicht im Apache), wenn ich Skripte, die bisher als normale CGI-Skripte gelaufen sind, zukünftig mit mod_perl laufen lassen will??

das haengt davon ab, wie sauber diese scripte geschrieben sind. wenn du warnings, strict und CGI verwendest und keine globalen Variablen (oder globale Variablen als readonly) verwendest, meistens nicht viel.
wenn das script sauber genug ist, kannst du es mit Apache::Registry 1:1 laufen lassen, sonst ist Apache::PerlRun dein Freund (wenn das script absolut haesslich ist, laeuft es auf jedem fall mit PerlSetVar PerlRunOnce On, aber dann kann man auch gleich auf mod_perl verzichten).
lies dir mal cgi_to_mod_perl durch.

... sowie die "CGI to mod_perl Porting. mod_perl Coding guidelines", die "Frequent mod_perl problems",  der "Warnings and Errors Troubleshooting Index" und vielleicht ein paar der anderen Dokumente unter http://perl.apache.org/docs/1.0/guide/ . (Evtl. auch die unter http://perl.apache.org/docs/2.0/ fuer mod_perl 2.) :)