Wenn du nur ueberpruefen musst, ob die Dateien exakt gleich sind, kannst du File::Compare verwenden.
Algorihm::Diff ist ein Module, um Portionen zurueckzuliefern, die gleich oder unterschiedlich sind. Unter Unix benutzt man klassischerweise das Kommandozeilen-Tool "diff". Evtl. musst du aber zuerst die HTML-Dateien bezueglich Whitespaces und Einrueckung in die gleiche Form bringen (ich glaube, "tidy" ist das Tool dafuer).
Persoenlich verwende ich ein Perl-Skript namens HtmlDiff, welches Unterschiede zwischen zwei HTML-Dateien ganz nett mit <strike> darstellt. Das Skript benutze ich, um eine alte und neue Verkehrsmeldungstickerseite nach neuen und geloeschten Eintraegen zu untersuchen.