letztlich ist jeder hash, der weitere hashes enthalten kann, ein baum. die frage wäre also, womit hast du genau probleme und was willst du mit dem baum anstellen? wieviel perl kannst du schon?
my $tree = {
node1 => {
leaf1 => {},
leaf2 => {},
},
node2 => {
leaf3 => {},
leaf4 => {},
},
};
ggfs. gibt es für spezielle bäume auch schon module auf CPAN.