Gibt das "weitere Skript" vielleicht seine Ausgabe nicht auf STDOUT sondern auf STDERR aus?
Dann müsstest Du die Ausgabe entsprechend umleiten, damit das Perl-Skript es einfangen kann.
my $output_and_error = qx( command 2>&1 );
Oder ein passendes Modul verwenden, dass die Ausgabekanäle einzeln abgreifen kann (evtl.
IPC::Run3, bin mir da aber nicht so sicher).
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