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Hallo joelsok,
wenn Du die ganzen Daten auf einen Schlag abziehst, kann es natürlich sein, dass der Arbeitsspeicher nicht ausreicht. Dann müsstest Du die Daten eben scheibchenweise abfragen, inserten usw.
Wenn das nicht die Ursache ist, kann es hundert andere Gründe geben, z.B. Timeouts, wie topeg schon sagte, oder Kodierungsprobleme mit irgendwelchen Sonderzeichen in den langen Memofeldern, Inkompatibilitäten zwischend den beiden DB-Schemata (sind in der Ziel-DB so lange Memofelder erlaubt?) oder oder oder. Um das zu erforschen ist es wichtig, dass Du mit warnings arbeitest und bei allen SQL-Statements or die $dbh->errstr stehen hast.
Wenn Du willst, poste hier Deinen Code, vielleicht lässt sich daraus der Fehler erahnen, ohne dass man die Datenbank kennt.
HTH
Grüße
payx