Du kannst mit mod_rewrite die Requests auf Dein zentrales Skript in cgi-bin umleiten. Darin entscheidet zunächst ein "Dispatcher" welche Aktion das Skript für die ursprünglich angeforderte Seite ausgeführt werden soll.
Von aussen kann das dann wie eine statische Site aussehen. (Ich mag keine cgi-bins oder direkten Skriptaufrufe).
Also in der root in der Datei .htaccess die Zeile:
RewriteRule ^(.*)$ /cgi-bin/scriptor/skript.pl/$1?&%{QUERY_STRING} [L]
In $ENV{'PATH_INFO'} findet das Skript den gefragten Pfad.
Nachtrag: Ich habe die Templates und ein Startskript im cgi-bin der Domain liegen, die Module des CMS liegen im cgi-bin des umgebenden Verzeichnis.