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[thread]10488[/thread]

hilfe um muster suche



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Gast Gast
 2007-09-28 15:15
#100123 #100123
hallo all,
bei mir hackt s wieder:-(( und zwar ich habe das ist mein code:

Code: (dl )
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#!/usr/bin/perl
#use warning;
#use strict;
use CGI qw(:all);
open (IN,"C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/Test") or die "Fehler beim oeffnen";
open (suchdatei,"C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/FASTA1.fasta") or die "FASTA nicht möglich zum öffnen!!" ;
open (OUT,">C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/Peptide.txt") or die "Fehler beim Anlegen der neuen Datei";
print "\nDateien zum kopieren geoeffnet\n";

while (<IN>){
$i = $_;
chomp $i;
if(/Hit\d">([^<\/A> ]*)/)#matcht den string aus dem htm datei,so in der art IOP123234 {
#print OUT $1."\n";
$j = $1;
push(@array,$j);
}
}
while (defined($var=<suchdatei>)){


# diese suchdatei fängt so an:

>IPI:IOP123234.1| kemot polar
DDDDDDHHHHJJJJJJKKLLLOOIIHHGGF
NNNMMMOOPPPEERTTWWESGGHHGHH
>IPI:andere Nummer usw..
uzuzzurtztourzotzorto
OOURURHRZRZR..
..
>IPI:...
##################################
Code: (dl )
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$var =~ /(>IPI:)([^| .]*)([^>]*)/   ;#meine gesuchte variable steht in $2 da in diesem ausdruck.
}
}
close (IN);
close (suchdatei);
close (OUT);
print "\nDateien geschlossen, Kopiervorgang


#was ich gerne hätte. wäre dass das programm die werte im gepushten array einliest in so ein foreach schleife z.B und prüft diese werte in diese suchdatei, wenn die vorhanden sind dann bitte die dazu gehörigen daten in neum file kopieren und soweiter. ,d.h vom anfang der zeile und wäre >IPI:..bis zum letzten enter zeichen vor dem nächsten >IPI:
hoffentlich war ich verständlich genug das wäre echt coool falls sich jemand melden würde.
renee
 2007-09-28 20:43
#100145 #100145
User since
2003-08-04
14371 Artikel
ModeratorIn
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Für FASTA-Dateien gibt es mehrere Module auf CPAN. Zum einen in CPAN:BioPerl aber auch einzeln wie CPAN:Bio::FASTASequence. Damit kannst Du Dir die Arbeit sicherlich vereinfachen...
OTRS-Erweiterungen (http://feature-addons.de/)
Frankfurt Perlmongers (http://frankfurt.pm/)
--

Unterlagen OTRS-Workshop 2012: http://otrs.perl-services.de/workshop.html
Perl-Entwicklung: http://perl-services.de/
Strat
 2007-10-05 01:42
#100304 #100304
User since
2003-08-04
5246 Artikel
ModeratorIn
[Homepage] [default_avatar]
Code: (dl )
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while (<IN>){
$i = $_;

warum nicht gleich stattdessen:
Code: (dl )
while( my $i = <IN> ) {


das vermeidet eine Menge an Problemen, weil $_ bei while-Schleifen nicht lokalisiert wird.
perl -le "s::*erlco'unaty.'.dk':e,y;*kn:ai;penmic;;print"
http://www.fabiani.net/
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