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#!/usr/bin/perl
#use warning;
#use strict;
use CGI qw(:all);
open (IN,"C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/Test") or die "Fehler beim oeffnen";
open (suchdatei,"C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/FASTA1.fasta") or die "FASTA nicht möglich zum öffnen!!" ;
open (OUT,">C:/Documents and Settings/XXX/Desktop/Peptide.txt") or die "Fehler beim Anlegen der neuen Datei";
print "\nDateien zum kopieren geoeffnet\n";
while (<IN>){
$i = $_;
chomp $i;
if(/Hit\d">([^<\/A> ]*)/)#matcht den string aus dem htm datei,so in der art IOP123234 {
#print OUT $1."\n";
$j = $1;
push(@array,$j);
}
}
while (defined($var=<suchdatei>)){
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$var =~ /(>IPI:)([^| .]*)([^>]*)/ ;#meine gesuchte variable steht in $2 da in diesem ausdruck.
}
}
close (IN);
close (suchdatei);
close (OUT);
print "\nDateien geschlossen, Kopiervorgang
while( my $i = <IN> ) {
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