spontan würde ich auf die Paarung "utf8 vs latin1" tippen.
Das Latex Dokument ist in utf8, das Skript verarbeitet nur latin1 ...
Es gibt hier aber sicherlich Spezis, die sich mit genau dieser Thematik näher befasst haben.
Ich habe bisher immer einen Bogen um utf8 gemacht ;)

Was sagt denn vim zum fileencoding?
Wenn es nicht in der Statusbar steht, dann sollte ein ":set fenc" und ein ":set enc" verraten, welche Encodings für diese Datei gelten.

Das gleiche wäre beim Skript zu prüfen...