Man sollte auch bedenken, dass bei MySQL jede Tabelle aus einigen Dateien besteht, die sich alle im selben Verzeichnis befinden (zumindestens bei MyISAM). Bei vielen Tabellen könnte schon das Auffinden so einer Datei im Verzeichnis langsam werden.

Und wenn man bedenkt, dass jede Tabelle bestimmt einen oder mehr Filedeskriptor braucht, muss man sich Gedanken um Betriebssystemlimits machen.

@kristian: Kannst du die Stelle zeigen, bei der die Datensicherheit von InnoDB kommentiert wurde? Ich kann mir eigentlich nicht vorstellen, dass InnoDB unsicherer wäre als MyISAM.