.pl als SSI einzutragen führt doch nur dazu, dass der SSI-Interpreter Dateien mit dieser Dateiendung verarbeiten möchte. Das funktioniert aber nicht, wenn du das Skript von Perl ausgeführt haben möchtest.
Verwende dazu das exec-Kommando von SSI, womit du beliebige ausführbare Dateien ausführen kannst, was natürlich wieder unsicher ist...